结论前置：对于工龄两年的员工，病假超过三个月是否会被辞退，不能一概而论，需结合医疗期规定、员工病情及用人单位的具体情况综合判断。在医疗期内，用人单位不得随意辞退；医疗期满后，若员工无法从事原工作或另行安排的工作，用人单位可依法解除劳动合同。
详细分析：
医疗期的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律规定，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长短根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定。对于实际工作年限十年以下，且在本单位工作年限五年以下的员工，医疗期为三个月。因此，工龄两年的员工，其医疗期通常为三个月。
医疗期内的保护：
- 在医疗期内，员工享有法律保护，用人单位不得仅因员工休病假而随意辞退。员工应提供合法的病假证明并履行公司的请假手续，以保障自己的合法权益。
医疗期满后的处理：
- 医疗期满后，若员工患病或者非因工负伤，不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以解除劳动合同。但需提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资，并依法支付经济补偿金。
- 经济补偿的计算方式为：按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
其他可解除劳动合同的情形：
- 除医疗期满后的特定条件外，若员工严重违反用人单位的规章制度（如未按规定履行请假手续或提供虚假病假证明），或双方协商一致解除劳动合同，用人单位也可解除劳动合同。
违法解除劳动合同的后果：
- 如果用人单位在员工医疗期内或未满足法定解除条件下擅自解除劳动合同，将构成违法解除。员工有权要求继续履行合同或主张双倍经济赔偿金。
建议与注意事项：
- 了解权益：员工应了解自己的医疗期权益和用人单位的规章制度，确保在病假期间合法权益不受侵害。
- 规范请假：员工应按照用人单位的规章制度履行请假手续，并提供真实有效的病假证明。
- 保留证据：员工应保留好病假证明、与用人单位的沟通记录等证据，以备不时之需。
- 协商解决：如果用人单位提出解除劳动合同的要求，员工可以与用人单位进行协商，寻求妥善的解决方案。
举例说明：
- 假设员工A工龄两年，因患病需休病假三个月。在医疗期内，A提供了合法的病假证明并履行了请假手续。此时，用人单位不得随意辞退A。
- 若A医疗期满后仍无法从事原工作或另行安排的工作，且用人单位已提前三十日以书面形式通知A或额外支付了一个月工资，并依法支付了经济补偿金，则用人单位可以解除与A的劳动合同。
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