员工违反保密协议，是选择仲裁还是起诉，这主要取决于保密协议的性质以及纠纷的具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一、需要劳动仲裁前置的情形
保密协议作为劳动合同的一部分：
- 如果保密协议是劳动合同中的一部分，或者作为劳动合同的附属协议签订，且纠纷涉及劳动报酬、经济补偿等劳动权益问题，那么根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条的规定，此类纠纷应先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，再向人民法院提起诉讼。
- 实例说明：比如，用人单位以员工违反保密协议为由要求支付违约金，同时扣发工资或涉及其他经济补偿问题，这种情况下就需要先进行劳动仲裁。
基于劳动关系产生的保密约定：
- 当用人单位与员工在劳动合同中明确约定了保密条款，或单独签订了保密协议，并且这种保密义务与员工的工作内容、职务相关时，如员工离职后违反保密协议泄露商业秘密，此类纠纷涉及劳动合同履行过程中的保密义务，也属于劳动仲裁的管辖范围。
二、不需要劳动仲裁前置的情形
保密协议独立于劳动合同：
- 如果保密协议并非基于劳动关系，而是平等民事主体之间签订的独立协议，比如公司与已经离职且不存在劳动关系的原员工签订的专门保密协议，那么因该保密协议引发的纠纷就不需要劳动仲裁前置。
- 法律依据：在这种情况下，公司可以依据《中华人民共和国民法典》等相关民事法律规定，直接向法院起诉要求违约方承担违约责任。
- 实例说明：例如，公司与非本单位的合作伙伴、技术顾问等签订保密协议，这些人员与公司之间不存在劳动关系。当他们违反保密协议时，公司可以直接向法院提起诉讼。
纠纷构成刑事犯罪：
- 若员工违反保密义务的行为严重到构成侵犯商业秘密罪等刑事犯罪，应由公安机关立案侦查，通过刑事诉讼程序处理，也不属于劳动仲裁的管辖范围。
三、实际操作建议
证据收集：
- 无论选择哪种方式，公司或员工都应首先确保掌握了对方确实违反了保密协议的充分证据，这是后续维权或抗辩的基础。
决策考量：
- 根据保密协议的性质、纠纷的实际情况以及自身的法律策略来决定是否先进行劳动仲裁。如果纠纷涉及劳动权益问题，且保密协议作为劳动合同的一部分，那么应先进行劳动仲裁；如果保密协议独立于劳动合同，且纠纷不涉及劳动权益问题，那么可以直接向法院提起诉讼。
灵活应对：
- 在实际操作中，公司和员工也可以考虑通过调解等替代性争议解决方式来解决问题，以提高效率和降低成本。调解可以在劳动仲裁机构或法院的主持下进行，也可以由双方自行协商并邀请第三方参与调解。
总结来说，员工违反保密协议是选择仲裁还是起诉，并没有一个绝对的答案。而是需要根据保密协议的性质、纠纷的实际情况以及相关法律法规来进行综合判断。如果你或你所在的公司面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。