行政协议不合法时，处理方式需根据协议不合法的原因及具体情况来定，以下是一些主要的处理路径和建议：

1. 确认协议不合法的原因：

   • 首先，需要明确行政协议不合法的原因，比如是否因违反法律法规的强制性规定、是否因程序违法、是否因超越职权或滥用职权等。这一步骤是后续处理的基础，因为不同的不合法原因可能导致不同的法律后果和处理方式。

2. 协商与沟通：

   • 在确认协议不合法后，行政相对人或行政机关应首先尝试通过协商与沟通来解决问题。如果协议的不合法性是由于程序上的瑕疵或误解造成的，双方可能通过协商达成补充协议或修正协议，以使其合法化。

3. 申请行政复议：

   • 如果协商无果，且行政相对人认为行政协议的不合法性侵犯了其合法权益，可以向该行政机关的上一级行政机关或法定复议机关提出行政复议申请。复议机关将审查协议的合法性，并作出相应的复议决定。

4. 提起行政诉讼：

   • 行政相对人或行政机关（如果认为协议的不合法性影响了其行政职能的履行）也可以直接向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。法院将审查协议的合法性，并作出判决。如果判决确认协议不合法，法院可能会判决撤销或变更协议，或者要求行政机关采取补救措施。
   • 举例说明：假设一份行政协议因违反了某项强制性法律规定而被认定为不合法，行政相对人可以向法院提起诉讼，要求确认协议无效并请求赔偿因此造成的损失。法院在审理后，如果确认协议确实违反了法律规定，将会判决协议无效，并可能根据行政相对人的请求判决行政机关承担相应的赔偿责任。

5. 寻求法律救济与赔偿：

   • 如果行政协议的不合法性给行政相对人造成了实际损失，行政相对人有权依法申请国家赔偿或提起民事诉讼要求赔偿。这需要根据具体情况和损失程度来确定赔偿的范围和方式。

6. 注意程序合法性：

   • 在处理行政协议不合法的问题时，无论是行政相对人还是行政机关，都应注意程序的合法性。比如，在申请行政复议或提起行政诉讼时，应确保在法定的期限内提出，并按照规定的程序进行。

法律背景与建议：

• 行政协议作为行政机关与行政相对人之间设立、变更、终止行政法律关系的协议，其合法性至关重要。一旦协议被认定为不合法，将可能引发一系列的法律后果和纠纷。
• 因此，在签订行政协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策要求，确保协议的合法性和有效性。同时，在协议履行过程中，双方也应严格遵守协议约定和法律法规的规定，避免不必要的法律纠纷。

后续行动建议：

• 如果您遇到了行政协议不合法的问题，建议首先收集相关证据和材料，明确协议不合法的原因和具体情况。
• 然后，您可以根据上述处理路径和建议，选择适合的方式进行处理。如果需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。