结论：个人合伙中一人明确放弃实体权利，而法院仍判决共享工程款，这一判决是否合法需结合具体案情和法律规定综合判断，并不必然违法，也不一定违背当事人意愿。以下从不同角度详细分析：

一、法院判决共享工程款的合法性基础

1. 合伙协议的约定与法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于合伙合同的规定，合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。合伙人的权利和义务通常由合伙协议约定，但合伙协议不得违反法律的强制性规定。
   • 如果合伙协议中明确约定了工程款的分配方式，且该约定不违反法律强制性规定，那么法院通常会依据合伙协议的约定进行判决。

2. 合伙财产的性质：

   • 合伙财产属于全体合伙人共有，合伙人在合伙清算前，一般不得请求分割合伙财产。工程款作为合伙财产的一部分，其分配通常需遵循合伙财产的共有原则。
   • 即使某一合伙人明确表示放弃实体权利，但如果该权利属于合伙共有财产的一部分，且其他合伙人未同意其放弃，那么法院可能仍会判决该合伙人共享工程款，以维护合伙财产的完整性和其他合伙人的利益。

二、法院判决可能违背当事人意愿的情形及例外

1. 违背当事人真实意愿的情形：

   • 如果某一合伙人明确表示放弃工程款的实体权利，且该放弃行为是真实、自愿的，且不损害国家、集体或第三人的利益，那么法院在判决时应充分考虑这一意愿。
   • 如果法院未充分考虑当事人的真实意愿，而径行判决共享工程款，可能构成对当事人意思自治的干涉，此时判决可能被视为不合法或不合理。

2. 例外情形：

   • 合伙协议另有约定：如果合伙协议中明确规定了某一合伙人放弃实体权利后，其他合伙人仍需向其支付一定比例的工程款，或者规定了其他分配方式，那么法院应依据合伙协议的约定进行判决。
   • 法律特别规定：在某些特定情况下，法律可能规定即使合伙人放弃实体权利，仍需承担一定责任或享有一定权益。例如，在合伙债务承担方面，即使某一合伙人声明不承担债务，但债权人仍有权要求其承担连带责任。不过，这一原则通常不适用于工程款的分配问题。

三、具体案情对判决的影响

• 放弃权利的方式与时间：合伙人放弃实体权利的方式（如书面声明、口头表示等）和时间（如合伙期间、合伙清算前等）可能影响法院的判决。一般来说，书面声明且在其他合伙人知情的情形下，放弃权利的效力更强。
• 其他合伙人的态度：如果其他合伙人均同意某一合伙人放弃实体权利，并愿意自行分配工程款，那么法院在判决时可能会考虑这一因素。但如果其他合伙人不同意，且该放弃行为可能损害他们的利益，那么法院可能仍会判决共享工程款。
• 工程款的性质与来源：如果工程款是合伙共同劳动或投资的成果，且没有明确的个人贡献部分，那么法院可能更倾向于判决共享工程款。反之，如果工程款可以明确划分为某一合伙人的个人贡献部分，那么法院可能会考虑这一因素进行判决。

四、建议与措施

• 完善合伙协议：为了避免类似纠纷的发生，建议在合伙协议中明确约定工程款的分配方式、合伙人放弃实体权利的条件和后果等条款。
• 保留相关证据：合伙人应保留好与工程款分配相关的所有证据，如书面声明、会议记录、转账凭证等，以便在发生纠纷时提供有力的证明。
• 及时咨询律师：如果发生纠纷或面临法院判决，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和应对策略。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，法院的判决也会因案而异。如果您面临类似的问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。