结论：工程款已经付清的情况下，实际施工人一般不可以再起诉建设单位，但也存在一些特殊情况可以起诉。以下为你详细分析：
一般情况：工程款付清后不可再起诉
从常规的法律逻辑和合同履行角度来看，当工程款已经付清，意味着建设单位按照合同约定履行了支付工程款的义务。此时，实际施工人与建设单位之间基于工程款支付的主要合同权利义务关系已经终结。
例如，建设单位和实际施工人签订了一份建设工程施工合同，合同中明确约定了工程款的支付方式、时间和金额等条款。在工程完工后，建设单位按照合同约定将全部工程款支付给了实际施工人，并且有相应的支付凭证，如银行转账记录、发票等。在这种情况下，实际施工人再以工程款未支付为由起诉建设单位，法院通常不会支持其诉讼请求，因为缺乏事实依据。
特殊情况：仍可起诉建设单位
- 存在工程质量问题且建设单位有损失
- 如果实际施工人完成的工程存在质量问题，给建设单位造成了损失，即使工程款已经付清，建设单位有权要求实际施工人承担赔偿责任。在这种情况下，实际施工人如果认为建设单位主张的赔偿金额不合理等，可能会引发诉讼。不过此时实际施工人并非是主张工程款，而是对建设单位的赔偿请求进行抗辩或反诉等。
- 例如，实际施工人承建的房屋出现墙体裂缝等质量问题，经鉴定是由于施工原因导致的，建设单位因此需要对业主进行赔偿或者进行修复等产生了费用。建设单位向实际施工人索赔，实际施工人不同意赔偿金额，双方就可能进入诉讼程序。
- 存在工程款计算错误或遗漏
- 虽然建设单位声称工程款已经付清，但实际施工人如果发现工程款的计算存在错误，或者有部分工程款被遗漏未支付，那么实际施工人仍然可以起诉建设单位要求支付相应的工程款。
- 比如，在计算工程款时，双方对于某些工程项目的计价方式存在争议，建设单位按照自己理解的方式计算并支付了工程款，但实际施工人认为应该按照另一种合理的计价方式计算，导致实际施工人少收了工程款，这种情况下实际施工人可以起诉。计算公式可以参考合同约定的计价方式，例如如果是按照工程量乘以单价计算工程款，即工程款 = 工程量×单价，若发现工程量统计有误或者单价适用错误，就可以据此主张差额部分。
- 存在违法分包、转包等情形下的权益主张
- 在建设工程领域，违法分包、转包等情况时有发生。如果实际施工人是在违法分包、转包的情形下进行施工，即使建设单位已经向其上一手分包人或转包人支付了工程款，但实际施工人可能因为未获得应有的权益而起诉建设单位。不过这种情况下，实际施工人起诉建设单位的法律依据和情况较为复杂，需要结合具体的违法分包、转包情形以及相关法律规定来判断。
- 例如，某总承包单位将工程违法分包给没有资质的个人，该个人又转包给实际施工人。建设单位将工程款支付给了总承包单位，总承包单位未将款项支付给分包人，分包人也未支付给实际施工人。此时实际施工人可能依据相关司法解释，突破合同相对性原则起诉建设单位要求支付工程款。
如果你遇到工程款相关的问题，或者对上述情况还有疑问，都可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你详细解答。