非法组装电动车被查获，将面临行政处罚，情节严重的可能涉及刑事处罚，具体处理方式需根据组装行为的具体情节、车辆用途及造成的后果等因素综合判断。以下分情况详细说明：

1. 行政处罚层面
   根据《道路交通安全法》第十六条及《机动车登记规定》第五十七条，非法拼装、改装机动车属于违法行为。若被查获，公安机关交通管理部门将：

   • 强制收缴并销毁：对拼装或已达到报废标准的车辆，予以收缴并强制报废；
     
   • 罚款与拘留：对驾驶人处200元以上2000元以下罚款，并可吊销机动车驾驶证；若行为人同时存在无证驾驶等情形，可能并处15日以下拘留；
     
   • 追溯责任：若车辆来源涉及盗窃、抢劫等犯罪，将移交司法机关处理。

2. 刑事处罚层面
   若非法组装行为满足以下条件，可能构成刑事犯罪：

   • 生产、销售伪劣产品罪：若组装车辆以销售为目的，且货值金额达到5万元以上，或销售金额达到一定标准，可能触犯《刑法》第一百四十条；
     
   • 以危险方法危害公共安全罪：若组装车辆存在严重安全隐患（如制动失效、结构不稳定），且在公共道路上行驶导致重大事故，可能被认定为危害公共安全；
     
   • 其他关联犯罪：若组装过程中涉及伪造车牌、证件，或车辆来源非法（如盗抢车辆），可能同时构成伪造国家机关证件罪、掩饰隐瞒犯罪所得罪等。

3. 特殊情形处理

   • 自用改装：若仅为个人使用而轻微改装（如加装行李架、更换轮胎），未改变车辆主要技术参数且未上路，通常以教育警告为主；
     
   • 合规整改：若被查获后主动配合调查、拆除非法部件并恢复原状，可能从轻或减轻处罚；
     
   • 证据固定：执法部门会通过现场勘验、车辆检测、证人证言等方式固定证据，行为人需配合调查，否则可能加重处罚。

建议：若已涉及非法组装行为，应立即停止使用并拆除非法部件；若被查获，积极配合调查并如实陈述事实；若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。