结论前置：股份公司只有两个股东且双方都同意解散公司时，在符合法定条件并履行法定程序的情况下，可以协商后自行解散。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据与法定条件
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司解散主要包括自愿解散和强制解散两种情形。在您所描述的情况下，属于自愿解散的范畴。自愿解散通常需要满足以下条件：
股东会决议解散：对于股份公司而言，解散公司通常需要股东会作出特别决议。虽然您提到只有两个股东，但理论上仍需通过股东会的形式来作出解散决议，以确保决议的合法性和有效性。不过，在实际操作中，由于股东人数较少，股东会决议的作出可能会相对简便。
符合公司章程规定：公司章程是公司的“宪法”，其中可能包含关于公司解散的具体条件和程序。因此，在协商解散公司前，应仔细审查公司章程，确保解散行为符合章程规定。
不违反法律法规强制性规定：解散公司不得违反法律法规的强制性规定，如不得损害债权人、员工等利益相关者的合法权益。
二、协商解散的具体流程
在满足法定条件的基础上，两个股东可以协商解散公司的具体流程，通常包括以下步骤：
召开股东会：虽然股东人数较少，但仍需按照公司章程或法律法规的规定召开股东会，就解散公司事宜进行讨论和表决。
作出解散决议：在股东会上，两个股东应就解散公司事宜达成一致意见，并作出解散决议。决议内容应明确解散公司的意愿、解散后的清算事宜等。
成立清算组：解散决议作出后，应成立清算组负责公司的清算工作。清算组由股东组成，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、处理与清算有关的公司未了结的业务等。
通知债权人并公告：清算组应自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。
清算并注销公司：清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应制定清算方案并报股东会确认。清算结束后，清算组应制作清算报告并报股东会确认，然后向公司登记机关申请注销公司登记。
三、注意事项与风险提示
确保决议合法有效：在协商解散公司过程中，应确保股东会决议的作出符合法律法规和公司章程的规定，避免因决议无效或可撤销而引发纠纷。
妥善处理债权债务：在清算过程中，应妥善处理公司的债权债务关系，确保债权人的合法权益得到保障。否则，股东可能需承担连带清偿责任。
遵守清算程序：清算组应严格按照法律法规规定的程序进行清算工作，不得擅自处置公司财产或隐瞒、转移财产等。否则，可能面临法律责任。
及时办理注销登记：清算结束后，应及时向公司登记机关申请注销公司登记，以终止公司的法人资格。否则，公司可能仍需承担一定的法律责任。
总结与建议：股份公司只有两个股东且双方都同意解散公司时，在符合法定条件并履行法定程序的情况下可以协商后自行解散。建议您在协商解散公司前仔细审查公司章程和法律法规的规定，确保解散行为的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。