若领导指示下属犯罪，下属可从以下方面留存证据，以保护自身合法权益并配合司法机关调查：
书面指示类证据
- 保存领导通过邮件、微信、短信等书面形式发出的犯罪指示内容，包括具体要求、时间、地点等关键信息。
- 若领导通过纸质文件下达指示，需保留原件或通过拍照、复印等方式固定证据，并注意保存传递文件的记录（如聊天记录、邮件往来）。
录音录像类证据
- 在合法前提下（如不侵犯他人隐私、未违反法律规定），对领导口头指示犯罪的过程进行录音或录像。
- 录音录像需清晰记录领导的身份、指示内容及时间地点，避免剪辑或篡改，确保证据的真实性。
证人证言类证据
- 寻找可能知晓该指示的其他同事或相关人员，记录其联系方式及证言内容，以便后续配合调查时提供证人。
- 注意证人需具备独立性和客观性，避免与案件存在利害关系导致证言效力降低。
行为痕迹类证据
- 保留因执行领导指示而产生的相关文件、合同、财务记录等，证明犯罪行为的具体实施过程。
- 若犯罪行为涉及资金往来，需保存银行流水、转账记录等，明确资金流向与领导指示的关联性。
主动报案与配合调查
- 在留存证据后，应及时向公安机关报案，并如实陈述事实、提交证据，避免因包庇或隐瞒而承担法律责任。
- 配合司法机关调查时，需保持陈述的一致性，避免因矛盾表述影响证据效力。
特别提醒：
- 留存证据需严格遵守法律规定，不得通过非法手段（如窃听、偷拍隐私场所）获取证据，否则可能因证据非法被排除。
- 若领导指示涉及严重犯罪（如贪污、受贿、诈骗等），下属可能构成共同犯罪，需根据具体情节判断是否构成从犯或胁从犯，并依法主张减轻或免除处罚。
如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供专业建议。