将总价包干合同通过补充协议改为单价合同，是否属于背离合同实质性内容的协议，需根据具体情况判断，但通常这种变更可能涉及合同实质性内容的改变。以下从多个角度进行分析：

一、合同实质性内容的界定

合同实质性内容通常指的是合同中关于权利义务的核心条款，这些条款直接影响到合同双方的基本利益和合同目的的实现。在建设工程合同中，工程价款、工程质量、工程期限等通常被视为实质性内容。总价包干合同与单价合同在工程价款的计算方式上存在根本差异，因此，将总价包干合同改为单价合同，很可能涉及合同实质性内容的变更。

二、补充协议变更合同实质性内容的合法性

1. 双方协商一致：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以在平等、自愿的基础上，通过协商一致对合同进行变更。因此，如果双方能够就总价包干合同改为单价合同达成一致意见，并签订书面补充协议，那么这种变更是合法的。但需要注意的是，即使双方协商一致，如果变更内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该变更仍然可能无效。

2. 背离中标合同实质性内容的限制：在建设工程领域，如果总价包干合同是通过招标投标程序确定的中标合同，那么根据相关法律法规的规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这里的“实质性内容”通常包括工程价款、工程质量、工程期限等。因此，如果补充协议将总价包干合同改为单价合同，且这种变更背离了中标合同的实质性内容，那么该补充协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。

三、实际操作中的考量因素

1. 变更原因和合理性：在判断补充协议是否背离合同实质性内容时，需要考虑变更的原因和合理性。如果变更是因为设计变更、工程量增减等客观原因导致的，且变更后的合同内容仍然符合双方当事人的真实意愿和合同目的，那么这种变更可能不被视为背离合同实质性内容。

2. 对双方利益的影响：还需要考虑变更对双方利益的影响。如果变更导致一方当事人的利益受到显著损害，而另一方当事人因此获得不当利益，那么这种变更可能更倾向于被视为背离合同实质性内容。

四、法律建议

1. 谨慎签订补充协议：在签订补充协议时，双方应谨慎考虑变更内容是否涉及合同实质性内容，并充分评估变更可能带来的法律后果。

2. 咨询专业律师：如果双方对变更内容是否涉及合同实质性内容存在争议，或者担心变更可能带来的法律风险，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。

3. 保留相关证据：在变更合同过程中，双方应保留好相关证据，如会议纪要、往来函件等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。

如果您有具体的合同变更情况或相关争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律分析和建议。