补充协议中约定对原合同单价进行变更，该单价通常及于全部合同，但具体情况还需根据补充协议的具体内容来判断。以下是详细分析：

1. 补充协议效力及于整个合同：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人可以就质量、价款或者报酬、履行地点等内容进行协议补充。若补充协议明确约定其效力及于整个合同，且不违反法律法规的强制性规定，那么补充协议的效力通常及于整个合同。
   • 在此情况下，补充协议中对原合同单价的变更，将视为对整个合同单价的变更，除非补充协议中有特别排除或限制条款。

2. 补充协议与原合同冲突处理：

   • 如果补充协议与原合同在单价方面存在冲突，且补充协议中未明确说明其效力是否仅限于特定部分，那么根据一般法律原则，补充协议的效力将优先于原合同。
   • 这意味着，在发生冲突时，应以补充协议中约定的单价为准。

3. 特殊情况：

   • 当然，也存在一些特殊情况。例如，如果原合同中明确约定了某些条款不得变更，且这些条款包括单价，那么补充协议中对这些条款的变更将不发生法律效力。
   • 另外，如果补充协议的签订存在欺诈、胁迫等违法情形，或者违反公序良俗，那么其效力也可能受到质疑。

综上所述，补充协议中约定对原合同单价进行变更，该单价通常及于全部合同。但为了确保准确理解补充协议的效力及其适用范围，建议仔细审查补充协议的具体内容，并考虑其可能与原合同产生的交互影响。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。