结论：原合同是总价包干，补充协议变成甲供材方式，这种变更本身并不直接违法，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从多个角度进行分析：

一、合同变更的合法性基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，有权对合同内容进行变更。因此，如果双方协商一致，原合同中的总价包干方式可以变更为甲供材方式。

2. 变更程序：合同变更应当遵循一定的程序，包括但不限于双方协商、签订书面变更协议等。如果补充协议是双方真实意思的表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种变更就是合法的。

二、甲供材方式的合法性及注意事项

1. 甲供材的定义：甲供材是指由建设单位（甲方）自行采购建筑材料、构配件和设备，并供应给施工单位（乙方）使用的一种方式。这种方式在建设工程合同中并不罕见，但需要明确双方的权利和义务。

2. 合法性条件：

   • 双方协商一致：甲供材方式的采用必须得到双方当事人的协商一致，不能单方面强制要求。
   • 不违反法律法规：甲供材方式不得违反法律、行政法规的强制性规定，如不得偷工减料、使用不合格材料等。
   • 明确约定：在补充协议中，应明确甲供材的具体范围、质量标准、供应时间、验收方式等关键条款，以避免后续纠纷。

3. 可能的风险：

   • 质量风险：如果甲方提供的材料质量不符合要求，可能导致工程质量问题，进而引发纠纷。
   • 供应风险：如果甲方未能按时供应材料，可能导致施工延误，给乙方造成损失。
   • 价格风险：如果市场价格波动较大，甲供材方式可能使一方承担过大的价格风险。

三、实际操作建议

1. 充分协商：在变更合同方式前，双方应充分协商，明确各自的权利和义务，以及可能面临的风险和责任。

2. 签订书面协议：变更合同方式应签订书面补充协议，明确变更的内容、范围、时间等关键条款，以避免后续纠纷。

3. 审查资质和信誉：如果采用甲供材方式，甲方应审查供应商的资质和信誉，确保提供的材料质量可靠、供应稳定。

4. 保留证据：在合同履行过程中，双方应保留好相关证据，如材料验收单、供应记录等，以备不时之需。

总结来说，原合同是总价包干，补充协议变成甲供材方式并不直接违法，但需要满足双方协商一致、不违反法律法规等条件。在实际操作中，双方应充分协商、签订书面协议、审查资质和信誉、保留证据等，以确保合同变更的合法性和有效性。如果您在合同变更过程中遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询。