在国有土地上房屋征收的过程中，关于补偿协议的签订主体，这是一个涉及法律程序和权益保障的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心签订主体
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，房屋征收补偿协议的法定签订主体主要包括两方面：
房屋征收部门：这通常是地方住建局或其委托的实施单位，负责具体组织实施房屋征收与补偿工作。它们有权代表政府与被征收人进行协商，并签订补偿协议。
被征收人：即房屋的合法所有权人。作为房屋的直接利益相关者，被征收人有权获得合理的补偿，并需要配合房屋征收部门完成搬迁工作。
此外，如果房屋存在公有房屋承租人的情况，承租人作为公房租赁关系的实际使用人，也有权参与补偿协商，并在协议中保障其居住权益。
二、签订流程与注意事项
身份核验：在签订协议前，房屋征收部门会核验被征收人或承租人的身份证明、房产证、租赁合同等材料，以确保签约方的真实性和合法性。
评估公示：对房屋的价值、装修损失等进行第三方评估，并将评估结果公示，以确保补偿的公平性和合理性。
协商条款：双方就补偿方式（如货币补偿或产权调换）、过渡安置、奖励政策等关键条款进行协商，并达成一致意见。
正式签约：在确认所有条款无误后，双方正式在协议上签字盖章，并留存相关身份证件复印件及产权凭证原件作为备案。
备案存档：房屋征收部门会将协议报送至相关主管部门进行备案存档，作为后续履行的依据。
三、特殊情形处理
在签订过程中，可能会遇到一些特殊情形，如产权争议、共有权人、继承问题、企业房产或未成年人房产等。对于这些情况，需要按照相关法律法规进行特殊处理，如通过确权诉讼或调解明确权利人、所有共有人共同签署协议或由授权代表签字、继承人完成遗产分割公证后签署协议、法人提交相关文件或监护人代为签署等。
四、法律保障与建议
确保主体适格：在签订协议前，务必确认签约方具备完全民事行为能力，避免无权代理或表见代理等纠纷的发生。
仔细审查条款：被征收人应仔细审查协议内容，确保所有关键条款都得到明确和保障，如补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积等。
寻求法律帮助：如果对协议内容有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议及时咨询专业律师，以保障自己的合法权益不受损害。
综上所述，国有土地上房屋征收补偿协议应由房屋征收部门与被征收人（以及公有房屋承租人，如适用）签订。在签订过程中，双方应遵循法定程序，确保协议的合法性和有效性，并充分保障各自的权益。