结论：在仲裁时效届满后，若用人单位继续同意履行相关义务，在劳动仲裁过程中，用人单位一般不能再以仲裁时效届满为由提出抗辩。不过，也存在一些特殊情况，下面为你详细分析。

正常情况：用人单位同意履行后不能再提时效抗辩

从法律原则和立法精神来看，仲裁时效制度的设立，一方面是为了促使权利人及时行使权利，避免法律关系长期处于不确定状态；另一方面也是为了保护义务人的合法权益，防止其在长时间后因证据灭失等原因而陷入不利境地。但当仲裁时效届满后，用人单位明确表示继续同意履行相关义务，这可以视为用人单位对自身权利的一种放弃。

例如，员工在劳动仲裁时效届满后向用人单位主张加班费，用人单位在收到主张后，没有提出时效抗辩，而是表示愿意支付部分加班费，并实际进行了支付。之后在劳动仲裁过程中，用人单位就不能再以仲裁时效届满为由拒绝支付剩余加班费。因为用人单位的同意履行行为，已经打破了仲裁时效届满所带来的法律后果，使得双方的权利义务关系重新处于一种可确定的状态。

特殊情况：可能存在例外

虽然一般情况下用人单位同意履行后不能再提时效抗辩，但也存在一些特殊情形。如果用人单位在同意履行时存在重大误解、被欺诈、被胁迫等情况，导致其并非出于真实意愿而同意履行，那么用人单位在劳动仲裁过程中可能仍有权提出仲裁时效抗辩。

比如，用人单位的财务人员由于受到员工的威胁，在违背自己真实意愿的情况下，签署了同意支付相关费用的文件。之后用人单位发现这一情况，在劳动仲裁过程中就可以主张该同意履行的行为无效，并同时提出仲裁时效抗辩。不过，用人单位需要承担相应的举证责任，证明其同意履行并非真实意愿，存在上述法定情形。

法律建议

对于劳动者来说，如果遇到仲裁时效届满但用人单位同意履行的情况，要注意保留用人单位同意履行的相关证据，如书面协议、聊天记录、录音等。这些证据可以在劳动仲裁过程中证明用人单位已经放弃了时效抗辩的权利，从而保障自己的合法权益。

对于用人单位而言，在面对劳动者的主张时，要谨慎作出同意履行的决定。如果确实存在不想履行的情况，要及时提出仲裁时效抗辩，避免后续产生不必要的法律纠纷。同时，如果是在受到欺诈、胁迫等情况下同意履行，要及时收集证据，以便在劳动仲裁中维护自己的合法权益。

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