结论：客运车辆被挂靠人擅自变更产权登记，原挂靠协议并不因此自动解除，是否解除需根据协议约定、法律规定及双方实际行为综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议约定角度
若协议中有明确约定：
- 如果原挂靠协议中明确规定了挂靠人擅自变更产权登记等违约行为将导致协议解除，那么在此情况下，被挂靠人有权依据协议约定主张解除挂靠协议。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定一方解除合同的事由。解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。
若协议中无明确约定：
- 如果原挂靠协议中并未明确规定挂靠人擅自变更产权登记将导致协议解除，那么被挂靠人不能直接依据此理由主张解除协议，而需要寻求其他法律依据或事实依据。
二、法律规定角度
违约行为与合同解除：
- 即使协议中没有明确约定，如果挂靠人的擅自变更产权登记行为构成了根本违约，即该行为使得被挂靠人签订挂靠协议的目的无法实现，那么被挂靠人仍有权依据《民法典》中关于合同解除的规定，主张解除挂靠协议。
- 法律依据：根据《民法典》第五百六十三条，有下列情形之一的，当事人可以解除合同：……（四）当事人一方迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的……
物权变动与合同效力：
- 产权登记的变更并不直接导致挂靠协议的解除。物权变动与合同效力是两个独立的法律概念。即使产权登记发生了变更，只要挂靠协议本身并未违反法律、行政法规的强制性规定，且双方并未就解除协议达成一致，那么协议仍然有效。
三、实际行为角度
被挂靠人的选择：
- 被挂靠人在发现挂靠人擅自变更产权登记后，可以选择与挂靠人协商解决，要求挂靠人恢复原状或承担违约责任；也可以选择依据协议约定或法律规定主张解除协议。
挂靠人的态度与行为：
- 挂靠人在擅自变更产权登记后的态度与行为也会影响协议的解除与否。如果挂靠人能够积极与被挂靠人沟通，解释变更原因并承诺承担相应责任，那么被挂靠人可能会选择不解除协议；反之，如果挂靠人态度恶劣或拒不承担责任，那么被挂靠人更有可能选择解除协议。
四、建议与后果
建议：
- 对于被挂靠人而言，在发现挂靠人擅自变更产权登记后，应首先查阅挂靠协议中的相关条款，了解自己的权利与义务；然后与挂靠人进行沟通协商，寻求妥善解决方案；如果协商无果，可以考虑依据协议约定或法律规定主张解除协议，并要求挂靠人承担违约责任。
后果：
- 如果被挂靠人选择解除协议，那么双方之间的挂靠关系将终止，被挂靠人可能需要寻找新的挂靠人或采取其他措施来保障自己的运营；同时，被挂靠人还有权要求挂靠人赔偿因擅自变更产权登记给自己造成的损失。
- 如果被挂靠人选择不解除协议，那么双方应继续履行协议中的各项义务；但被挂靠人应密切关注挂靠人的行为动态，防止类似事件再次发生，并可以考虑在协议中增加相关条款来约束挂靠人的行为。
总结：客运车辆被挂靠人擅自变更产权登记并不直接导致原挂靠协议的解除。是否解除需根据协议约定、法律规定及双方实际行为综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。