解除与运输公司签订的挂靠协议，可以通过协商解除、约定解除和法定解除三种主要方式进行。以下是对这三种方式的详细解释及操作步骤，同时结合相关法律依据，以确保解答的清晰、详细和有深度。

一、协商解除

步骤：

1. 沟通表达：首先，您需要主动与运输公司进行沟通，清晰、诚实地表达您想要解除挂靠协议的意愿和原因，比如运营成本过高、业务调整等。

2. 协商条款：双方就解除时间、车辆处理、费用结算等关键条款进行协商。确保明确是否存在未结清的管理费、保险费等，并确定车辆的过户手续如何办理。

3. 签订解除协议：协商一致后，应签订书面解除协议，详细记录各项内容，包括解除日期、费用结算情况、车辆过户安排等，并由双方签字或盖章确认。

法律依据： 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十二条第一款，当事人协商一致，可以解除合同。

二、约定解除

步骤：

1. 查看合同：仔细研读挂靠协议，查找是否有关于解除合同的约定条款，如特定情况下解除合同的权利。

2. 满足条件：若当前情况符合约定的解除条件，按照合同规定的程序和方式书面通知运输公司解除合同，并明确说明解除依据和时间。

法律依据： 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十二条第二款，当事人可以约定一方解除合同的事由。解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。

三、法定解除

在以下法定情形下，您可依法解除合同：

1. 不可抗力：

   • 如遇自然灾害（如地震、洪水）或政府政策重大调整导致合同目的无法实现，您应及时通知运输公司并提供相关证明材料（如政策文件、灾害证明），依法解除合同。

2. 运输公司根本违约：

   • 未履行主要义务：如运输公司未购买必要保险或未及时办理车辆证件审验，影响车辆正常运营。此时，您可先书面催告运输公司在合理期限内履行义务。
   • 合理期限仍未履行：若运输公司在催告后合理期限内仍未履行，则您有权解除合同，并要求其承担违约责任，赔偿损失。

3. 合同僵局：

   • 若合同履行陷入僵局，继续履行对一方明显不公平或不能实现合同目的，且双方无法协商一致，您可请求人民法院或仲裁机构解除合同，需提供充分证据。

法律依据： 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十三条，因不可抗力致使不能实现合同目的、预期违约、迟延履行主要债务经催告后仍未履行、迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的等情形，当事人可以解除合同。

四、解除后续事宜

无论采用哪种方式解除合同，均需处理以下后续事宜：

1. 车辆过户：及时办理车辆过户手续，将所有权从运输公司转移至个人名下。准备相关证件和材料（如行驶证、登记证书、身份证明）并按车管所要求办理。

2. 费用结算：与运输公司结清所有费用，包括管理费、保险费、押金等，确保无经济纠纷。

3. 文件交接：交接所有与车辆和挂靠合同相关的文件和资料（如保险单、维修记录、合同原件），确保妥善处理。

五、法律建议

• 在解除合同过程中，务必保持冷静理性，尽量以书面形式记录沟通内容和达成的协议，作为日后可能的证据。
• 如协商无果或认为运输公司行为违法违规，应咨询专业律师，了解自身权益和法律途径，制定合适策略。
• 确保所有行为符合法律法规要求，避免不必要的法律风险和经济损失。

希望以上解答能帮助您清晰、详细地了解如何解除与运输公司签订的挂靠协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。