结论：公司发工资时未扣个税是否违法，需根据员工工资是否达到纳税标准来判断。若员工工资未达到纳税标准，则不违法；若达到纳税标准而未扣税，则是违法的。

详细分析：

1. 员工工资未达纳税标准的情况

   • 法律依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，目前综合所得基本减除费用标准是每月5000元，即每年6万元。这意味着，如果员工每月工资收入在扣除专项扣除、专项附加扣除等依法确定的其他扣除后，余额未达到5000元，那么该员工无需缴纳个人所得税。
   • 具体情况：在这种情况下，公司没有代扣代缴个税的义务，因为员工本身就不需要缴纳税款。因此，公司未扣个税并不构成违法。

2. 员工工资达到纳税标准的情况

   • 法律义务：根据《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，个人所得税以所得人为纳税人，支付所得的单位或个人为扣缴义务人。公司作为支付工资的单位，有义务按照法律规定预扣预缴税款。
   • 违法后果：
     • 如果公司明知员工工资达到纳税标准却未履行代扣代缴个税的义务，税务机关将向纳税人追缴税款，并对公司处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
     • 若公司采取隐瞒、欺骗等手段不扣或少扣税款，可能被认定为偷税行为。税务机关将追缴其不缴或者少缴的税款及滞纳金，并处不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
   • 信用记录与经营影响：公司未履行代扣代缴义务不仅面临税务机关的处罚，还可能影响其信用记录和经营发展。例如，公司的纳税信用评级可能会降低，进而影响发票领用、银行贷款、招投标等业务活动。

建议与行动：

• 公司层面：

  • 公司应定期对财务人员进行税务培训，确保他们熟悉最新的税收政策和法规，准确计算员工应缴纳的个人所得税金额，并及时上缴税务机关。
  • 如果公司发现发工资时未扣个税，且员工工资达到纳税标准，应立即向税务机关报告并说明原因，主动补缴应扣未扣的税款和滞纳金，以减轻处罚力度。

• 员工层面：

  • 员工应通过个人所得税APP等渠道定期检查自己的纳税记录，确保公司依法代扣代缴税款。
  • 如果发现公司未履行扣缴义务，员工应与公司沟通并要求纠正。若公司拒绝改正，员工可向税务机关举报以维护自身权益。

总结：公司发工资时是否扣个税，需根据员工工资是否达到纳税标准来判断。对于达到纳税标准的员工，公司必须依法履行代扣代缴个人所得税的义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。