在运输合同纠纷中，若存在部分归受案法院管辖、部分不归的情况，这通常意味着纠纷涉及多个法律关系或多个履行地，需要根据具体情况来确定管辖法院。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同纠纷的管辖原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同纠纷一般由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。在运输合同中，合同履行地可能涉及多个地点，如装货地、卸货地、运输途中的中转地等。
- 若纠纷仅涉及一个明确的合同履行地，则通常由该地法院管辖。但若涉及多个履行地或法律关系复杂，则可能出现管辖权争议。
部分归受案法院管辖、部分不归的情况处理：
- 分析纠纷性质：首先，需要明确纠纷中哪些部分属于运输合同纠纷，哪些部分可能涉及其他法律关系（如侵权、买卖等）。这有助于确定哪些部分应受运输合同相关法律的管辖。
- 确定管辖法院：对于属于运输合同纠纷的部分，根据合同履行地或被告住所地确定管辖法院。对于涉及其他法律关系的部分，则根据相应法律关系的管辖原则确定管辖法院。
- 考虑合并审理：若纠纷中的不同部分存在紧密联系，且由同一法院审理更有利于查明事实和公正裁决，可以考虑向有管辖权的法院申请合并审理。但需注意，合并审理需满足一定条件，如案件性质相同、当事人相同或诉讼标的为同一种类等。
实际操作建议：
- 收集证据：在提起诉讼前，务必收集充分证据以证明纠纷的性质、合同履行地以及被告住所地等关键信息。这有助于确定正确的管辖法院。
- 咨询专业律师：由于管辖权问题可能涉及复杂的法律关系和地域因素，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据案件具体情况，为你提供更准确的管辖法院分析和诉讼策略。
- 注意诉讼时效：在处理管辖权问题的同时，不要忽视诉讼时效的限制。确保在法定诉讼时效期间内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设一份运输合同中约定了装货地、卸货地以及多个中转地，且纠纷涉及货物损坏赔偿和运费支付两个问题。若货物损坏发生在中转地A，而运费支付问题与被告住所地相关，则可能涉及两个不同的管辖法院。此时，你可以根据货物损坏的具体情况（如损坏原因、责任归属等）在中转地A的法院提起货物损坏赔偿之诉；同时，根据运费支付问题与被告住所地的关系，在被告住所地法院提起运费支付之诉。若两案存在紧密联系且符合合并审理条件，还可以考虑向有管辖权的法院申请合并审理。
总结来说，面对运输合同纠纷中部分归受案法院管辖、部分不归的情况，你需要仔细分析纠纷性质、确定管辖法院，并考虑合并审理的可能性。如有需要，请随时向我咨询以获取更具体的法律建议。