在原告起诉侵权责任纠纷，但双方实际为运输合同关系的情境下，可按以下思路处理：
- 审查起诉依据与事实基础
- 首先需审查原告起诉时主张的侵权事实是否真实存在，以及该事实是否确实符合侵权责任的构成要件（如行为、过错、损害结果及因果关系）。
- 同时，要深入分析双方之间的法律关系，确认是否确实存在运输合同关系，包括合同的签订、履行情况等。若经审查发现双方确实为运输合同关系，且原告所主张的“侵权”行为实质上是合同履行过程中的争议或违约行为，那么案件性质可能并非侵权责任纠纷，而是合同纠纷。
- 向法院提出管辖权异议或案由变更申请（如适用）
- 如果案件已经进入诉讼程序，且法院已经立案，但被告认为案件性质应为合同纠纷而非侵权责任纠纷，被告可以在答辩期内向法院提出管辖权异议（如果认为受理法院无管辖权）或申请变更案由（如果认为原告诉请的案由不准确）。不过，通常更直接且有效的方式是在答辩中明确指出双方的法律关系为运输合同关系，并阐述原告所主张的侵权责任不成立的理由。
- 准备合同纠纷的答辩与反诉（如需要）
- 被告应准备针对合同纠纷的答辩材料，包括但不限于合同文本、履行情况证明、双方沟通记录等，以证明原告所主张的“侵权”行为实际上是合同履行中的正常争议或被告并未违约。
- 如果被告认为原告在合同履行过程中也存在违约行为，给被告造成了损失，被告还可以考虑提出反诉，要求原告承担相应的违约责任。
- 参与庭审并充分陈述意见
- 在庭审过程中，被告应充分陈述自己的意见和理由，包括双方的法律关系、合同履行情况、原告所主张的侵权责任不成立的理由等。
- 被告还可以申请证人出庭作证、提交证据材料等，以支持自己的主张。
- 关注法院判决并执行或上诉
- 被告应关注法院的判决结果，如果判决被告不承担侵权责任或按照合同纠纷处理并判决了相应的责任，被告应按照判决履行义务。
- 如果被告对判决结果不服，可以在法定期限内提起上诉，请求上级法院对案件进行重新审理。