结论：连续旷工三天是否算自离职，主要取决于公司内部的规章制度及劳动合同条款，且该规章制度必须合法制定并有效公示。但无论是否被视为自动离职，用人单位都应支付劳动者实际工作期间的工资。下面我从几个方面详细解释：
一、旷工三天与自动离职的关系
无统一法定标准：
- 员工连续旷工三天并不必然导致自动离职。这一结果取决于公司的规章制度以及劳动合同中的具体约定。
公司规章制度的作用：
- 若公司的规章制度中明确规定了“连续旷工三天即视为自动离职”，并且这一规定是依照法定程序制定（如经过职工代表大会讨论通过、公示或告知劳动者等），则在此情况下，旷工三天可被视为自动离职。
- 若公司规章制度中没有此类规定，或规定本身不合法（如违反法律法规的强制性规定），或未有效公示告知劳动者，则不能仅凭旷工三天就认定员工自动离职。
法律程序的合规性：
- 用人单位的规章制度必须符合法律规定的程序制定，内容不得违反法律法规的强制性规定，并且要确保劳动者知晓。
二、工资发放问题
实际出勤与工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。劳动者为用人单位提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。
- 因此，即使员工旷工，用人单位也应当支付其正常出勤期间的工资。旷工期间，由于员工未提供劳动，用人单位可以不支付这部分的工资。
经济损失与赔偿：
- 如果因劳动者旷工给用人单位造成经济损失，用人单位可以依据相关规定要求劳动者赔偿损失，但需有明确的证据证明损失情况。
- 扣除工资的数额要符合法律规定，一般每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
工资计算示例：
- 假设某员工月工资为6000元，按每月21.75天的计薪天数计算，日工资约为275.86元。若该员工在旷工前实际出勤了10天，则用人单位应支付其约2758.6元的工资（\(275.86元/天 \times 10天 = 2758.6元\)）。旷工的三天，用人单位可以不支付工资。
三、权益保障途径
- 如果劳动者与用人单位就旷工是否算自动离职以及工资发放问题产生争议，劳动者可以先与用人单位协商解决。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
连续旷工三天是否构成自动离职，需严格依据用人单位的合法规章制度及劳动合同来判断。同时，用人单位应依法支付劳动者实际工作期间的工资，不得无故克扣或拖欠。在处理相关争议时，劳动者应充分利用法律武器维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。