在法庭审理过程中，如果发现案件实际系单位犯罪但此前被遗漏，可以按照以下方式处理：

1. 法庭应依法建议检察机关补充或变更起诉
   根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，法庭在审理中发现案件可能涉及单位犯罪，但公诉机关未以单位犯罪起诉的，应当建议检察机关对犯罪单位补充起诉或者变更起诉。这是法庭履行审判职责、确保案件依法处理的重要环节。
   具体操作中，法庭可以要求公诉机关在合理期限内补充相关证据材料（如单位决策文件、财务记录等），以证明犯罪行为是否体现单位意志、是否为单位谋取利益等关键事实。若公诉机关拒绝补充或变更起诉，法庭需根据现有证据依法裁判，但应在裁判文书中说明理由。

2. 若检察机关补充或变更起诉，法庭需重新审查诉讼主体资格
   单位犯罪的诉讼主体是单位本身（如公司、企业）及直接负责的主管人员和其他直接责任人员。若检察机关补充起诉单位犯罪，法庭需审查：

• 单位是否依法成立并合法存续；
  
• 犯罪行为是否由单位集体决策或负责人决定；
  
• 违法所得是否归单位所有等。
  若单位已注销或不具备诉讼主体资格，法庭应依法终止对单位的审理，但可继续追究相关责任人员的刑事责任。

1. 量刑时需区分单位犯罪与自然人犯罪的差异
   单位犯罪的处罚原则与自然人犯罪不同。根据《刑法》规定，对单位犯罪通常采取“双罚制”（即对单位判处罚金，对直接责任人员判处刑罚），且量刑幅度一般轻于自然人犯罪。例如，同一经济犯罪行为，自然人犯罪的法定刑可能高于单位犯罪中直接责任人员的刑罚。因此，法庭需根据单位犯罪的构成要件重新调整量刑情节。

2. 程序保障：通知单位参与诉讼并赋予辩护权
   若案件被认定为单位犯罪，法庭应依法通知犯罪单位作为被告参与诉讼，并保障其委托辩护人、提交证据等诉讼权利。若单位拒绝委托辩护人，法庭可指定法律援助律师为其辩护，确保程序公正。

总结：法庭发现遗漏单位犯罪时，核心处理步骤为“建议补充起诉→审查诉讼主体→调整量刑→保障程序权利”。这一过程既需严格依法，也需兼顾效率，避免因程序瑕疵影响案件实体公正。若您遇到具体案件中的此类问题，可直接向我咨询，我会结合案情细节进一步分析。