针对您提出的问题，即中介声称可以办理大额贷款但最终只批下来12万，并要收取1万3千元手续费是否违法，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，从非法金融中介的常见“套路”来看，这类中介往往会通过虚假宣传、夸大承诺来吸引客户，比如声称有“银行内部渠道”、“独家资源”等，可以轻松获得远超预期额度的贷款。然而，在实际操作中，他们可能无法兑现这些承诺，就像您所遇到的情况，原本承诺的大额贷款并未实现。
其次，非法金融中介常常会以各种名义收取高额费用。他们可能会以“资料费”、“服务费”、“加急费”等五花八门的名义来索要费用，甚至在贷款到账后直接截留部分资金作为“报酬”。在您的情况下，中介要收取1万3千元的手续费，这明显超出了正常贷款服务的合理范围，很可能属于高额收费陷阱。
再者，我们需要考虑这种行为是否违反了相关法律法规。根据《中华人民共和国刑法》以及相关金融法规，非法金融中介通过虚假宣传、高额收费等手段谋取非法利益，是严重扰乱金融市场秩序和侵害消费者合法权益的行为。特别是如果中介在办理贷款过程中存在伪造资料、骗取贷款等违法行为，那么他们还可能面临刑事处罚。
针对您的情况，我建议您采取以下措施：
保留证据：请务必保留好与中介的所有沟通记录、合同、收费凭证等证据，以备后续维权之需。
与中介协商：您可以尝试与中介进行协商，要求其退还不合理的手续费，并解释清楚贷款额度未达预期的原因。
向相关部门举报：如果协商无果，您可以向当地金融监管部门或消费者权益保护机构举报该中介的违法行为，以维护自己的合法权益。
选择正规渠道：未来在办理贷款时，请务必选择正规的金融机构和合法的金融服务渠道，避免再次陷入非法金融中介的陷阱。
综上所述，中介声称可以办理大额贷款但最终只批下来12万，并要收取1万3千元手续费的行为，很可能属于非法金融中介的违法行为。您应该保留证据、与中介协商、向相关部门举报，并选择正规渠道办理贷款。