结论：在一二审申请确认拆迁协议无效，再审申请中请求自始无效，这种诉求法院是否会认可，需结合具体案情、一二审裁判情况及再审申请理由综合判断，但从法律逻辑和程序规则角度，再审请求确认协议自始无效具有法律依据和合理性，法院不会仅因诉求表述变化而直接否定，关键在于是否符合再审条件及能否提供充分证据和理由。以下从不同角度详细分析：

一、法律逻辑层面：再审请求确认协议自始无效的合理性

1. “无效”与“自始无效”的法律内涵
   根据《民法典》第155条，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。拆迁协议若因违反法律强制性规定（如无拆迁许可、未履行法定程序）、恶意串通损害国家/集体利益、以合法形式掩盖非法目的等情形被确认无效，其效力应溯及至协议签订之时，即“自始无效”。因此，再审请求确认“自始无效”本质是对协议无效法律后果的明确主张，与一二审“确认无效”的诉求在实体上并无冲突，仅是对无效后果的进一步强调。

2. 再审程序的救济功能
   再审是针对已生效裁判的特殊救济程序，其目的在于纠正原审错误。若一二审未对协议无效的溯及力问题作出明确认定，或认定事实/适用法律存在错误（如未认定协议自始无效导致当事人权益受损），再审申请人有权通过再审程序请求法院对协议效力进行全面审查，包括确认其自始无效。法院不会因诉求表述与一二审“略有差异”而拒绝审查，关键在于诉求是否具有法律依据及事实支撑。

二、程序规则层面：再审申请的条件与审查重点

1. 再审申请的法定条件
   根据《民事诉讼法》第207条，再审申请需符合以下情形之一（如原判决认定基本事实缺乏证据证明、适用法律确有错误、违反法定程序等）。若一二审未对协议自始无效问题作出明确认定，或认定错误（如仅确认协议无效但未明确溯及力），可能构成“适用法律确有错误”或“遗漏诉讼请求”，符合再审条件。

2. 法院审查重点
   法院在审查再审申请时，会重点关注：

   • 原审裁判是否存在错误：如一二审是否遗漏对协议自始无效的认定，或认定事实/适用法律错误；
     
   • 再审申请理由是否充分：申请人需提供新证据或指出原审错误，证明协议自始无效的必要性（如因协议自始无效导致财产返还、损失赔偿等后续问题未解决）；
     
   • 诉求的合理性：确认协议自始无效是否与案件事实、法律适用相符，是否涉及公共利益或第三方权益。

三、实务操作建议：如何提高再审申请成功率

1. 明确再审请求与理由
   在再审申请书中，需清晰表述“请求确认拆迁协议自始无效”，并详细说明：

   • 一二审未认定协议自始无效的具体错误（如遗漏诉讼请求、适用法律错误）；
     
   • 协议自始无效的法律依据（如《民法典》第155条）及事实依据（如协议签订时无拆迁许可、程序违法等）；
     
   • 自始无效认定对当事人权益的影响（如财产返还、损失赔偿等）。

2. 提供充分证据支持
   再审申请需附新证据或指出原审证据不足。例如：

   • 证明协议签订时拆迁方无合法许可的行政文件；
     
   • 证明协议存在恶意串通、以合法形式掩盖非法目的的聊天记录、录音等；
     
   • 证明协议无效导致当事人损失的财务凭证、评估报告等。

3. 关注再审申请期限
   根据《民事诉讼法》第212条，再审申请应在判决/裁定生效后6个月内提出。若超过期限，法院将不予受理，除非符合特定情形（如发现新证据、原审裁判依据的法律被撤销等）。

四、风险提示：再审申请的局限性

1. 再审不等于必然改判
   再审申请仅是启动审查程序，法院是否改判需综合全案证据和法律适用判断。即使诉求合理，若证据不足或法律适用无明确错误，法院可能维持原判。

2. 协议无效的后续问题需另行主张
   即使法院确认协议自始无效，当事人仍需通过另行起诉或协商解决无效后的财产返还、损失赔偿等问题。再审程序通常仅审查协议效力，不直接处理后续纠纷。

总结：再审请求确认拆迁协议自始无效具有法律依据和合理性，法院不会仅因诉求表述变化而拒绝审查。关键在于是否符合再审条件（如原审错误、诉求合理）、能否提供充分证据及理由。若您认为一二审未对协议自始无效问题作出正确认定，建议尽快委托律师梳理证据、撰写再审申请书，并在法定期限内提交法院。如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我将结合细节为您提供更精准的法律分析。