招投标文件未列出总包配合费，这通常需要根据具体情况来处理，以下是一些可能的处理方式和法律分析：

1. 合同解释与补充：

   • 合同解释：首先，应仔细审查招投标文件及后续签订的合同文本，看是否有对总包配合费的隐含规定或可以通过合同解释原则（如目的解释、习惯解释等）来推断其存在。
   • 合同补充：如果合同确实存在漏洞或未明确约定总包配合费，双方可以协商签订补充协议，明确总包配合费的计算方式、支付时间等关键条款。

2. 法律适用与行业惯例：

   • 法律适用：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则履行合同义务。如果总包配合费是行业内普遍存在的费用，且对于合同的履行具有重要影响，那么即使招投标文件未明确列出，也可能被视为合同的一部分。
   • 行业惯例：在建设工程领域，总包配合费通常被视为总承包商为分包商提供配合、协调等服务所应收取的费用。如果这一费用在行业内具有普遍性，且双方在合同谈判过程中对此有所预期，那么即使未明确写入合同，也可能被认定为双方的真实意思表示。

3. 争议解决方式：

   • 协商：双方应首先尝试通过友好协商的方式解决争议，明确总包配合费的支付问题。
   • 调解或仲裁：如果协商无果，双方可以考虑通过调解或仲裁的方式解决争议。这通常需要依据合同中的争议解决条款或双方另行达成的仲裁协议来进行。
   • 诉讼：作为最后的解决手段，如果其他方式均无法达成一致，任何一方均有权向人民法院提起诉讼，请求法院对总包配合费的支付问题进行判决。

4. 风险防范建议：

   • 明确约定：在未来的招投标文件和合同中，应明确约定总包配合费的计算方式、支付时间、支付条件等关键条款，以避免类似争议的发生。
   • 保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与总包配合费相关的证据材料，如工作联系单、会议纪要、付款凭证等，以便在争议发生时能够提供有力的证据支持。

在处理此类问题时，建议双方保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。如果双方无法自行协商解决，可以考虑寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。