结论：招标文件要求列总承包服务费，但实际并非总承包方，在结算时被扣除该费用是否合理，需分情况讨论，一般情况下，若合同无明确约定且非总承包方无过错，扣除费用不合理；若合同有明确约定或非总承包方存在过错，扣除费用可能合理。以下为详细分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 若招标文件或后续签订的合同中明确规定了总承包服务费的支付条件、支付方式以及扣除情形，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定执行是合理的。
- 例如，合同可能约定，若非总承包方未能履行某些特定职责或义务，发包方有权扣除部分或全部总承包服务费。在此情况下，若非总承包方确实存在违约行为，发包方扣除费用是合法的。
合同无明确约定：
- 若招标文件或合同中未明确规定总承包服务费的扣除情形，且非总承包方已按照合同要求履行了相关职责和义务，那么发包方在结算时扣除该费用可能缺乏合同依据，从而构成不合理扣除。
- 在此情况下，非总承包方有权要求发包方按照合同约定支付全部费用，并可能就扣除部分提起法律诉讼或仲裁。
二、法律法规角度
遵循公平原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。若发包方在结算时无故扣除总承包服务费，可能违反了公平原则，损害了非总承包方的合法权益。
禁止不当得利：
- 发包方扣除总承包服务费若缺乏合法依据，可能构成不当得利。根据法律规定，因他人没有法律根据，取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 非总承包方应仔细审查招标文件及后续签订的合同条款，特别是关于总承包服务费的支付和扣除部分，以明确双方的权利和义务。
收集证据材料：
- 若非总承包方认为发包方扣除费用不合理，应收集相关证据材料，如合同、履约证明、沟通记录等，以支持自己的主张。
协商或法律途径：
- 非总承包方可以尝试与发包方进行协商，寻求和解或达成补充协议。若协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
进一步思考：在实际操作中，建设工程领域的合同往往复杂且涉及多方利益。因此，在签订合同时，各方应尽可能明确各项条款，特别是关于费用支付和扣除的部分，以避免后续争议。同时，在履约过程中，各方也应保持良好沟通，及时解决可能出现的问题。若遇到复杂或疑难的法律问题，建议直接向我咨询，以便获得更专业、更全面的法律建议。