配合费是否由投标单位承担，并非一概而论，而是需要根据具体情况和合同约定来判断。
首先，我们要明确“配合费”这一概念。配合费通常指的是在项目实施过程中，因需要其他单位或部门配合而产生的费用。这些费用可能包括协调、沟通、提供便利等方面的支出。
接下来，我们分析配合费承担的主体：
合同约定：如果招标文件或合同中明确规定了配合费的承担方，那么应当按照约定执行。这是最基本的法律原则，即“有约从约”。如果合同中明确约定配合费由投标单位承担，那么投标单位就应当支付这笔费用。
行业惯例：在某些行业或地区，可能存在关于配合费承担的惯例。如果招标文件或合同中没有明确规定，但行业惯例是由投标单位承担，那么投标单位在参与投标时应当考虑到这一点，并相应地在报价中予以体现。
公平原则：如果招标文件、合同以及行业惯例中都没有明确规定配合费的承担方，那么应当根据公平原则来判断。这需要考虑配合费产生的具体原因、各方在项目实施中的贡献和受益情况等因素，以确定合理的承担方式。
综上所述，配合费是否由投标单位承担，需要根据具体的合同约定、行业惯例以及公平原则来判断。因此，在参与投标或项目实施过程中，投标单位应当仔细审查招标文件、合同以及相关行业规定，明确配合费的承担方式，以避免不必要的纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。