施工配合费是合法的，其合法性主要体现在以下几个方面：
一、法律基础
《建设工程工程量清单计价规范》（GB 50500 - 2013）：该规范明确规定了总承包服务费（涵盖施工配合费）的计取原则，强调建设单位应按约定向总承包单位支付相应的配合服务费用。这为施工配合费的合法性提供了直接的法律支持。
《中华人民共和国民法典》：民法典中关于施工合同的规定，包括相互协作等条款，为施工配合费的约定和支付提供了法律基础。施工配合费相关事宜可在合同中明确约定，双方需按合同履行义务，否则应承担违约责任。
《中华人民共和国建筑法》：该法涉及工程造价和费用支付等问题，强调建筑工程的质量和安全，对施工配合费的合理性提出要求。这进一步印证了施工配合费在法律上的正当性。
二、费用性质与目的
施工配合费是指总承包单位为配合、协调建设单位进行的专业工程发包，以及对建设单位自行采购的材料、工程设备等进行保管，施工现场管理，竣工资料汇总整理等服务所需的费用。该费用属于工程成本的一部分，具有补偿性质，是对施工单位因配合工作而增加的成本和劳动付出的合理补偿。因此，从费用性质和目的来看，施工配合费也是合法的。
三、计取与支付方式
计取方式：施工配合费通常按分包工程合同价的一定比例计算，范围一般在1% - 5%，具体依据工程性质和配合复杂度确定。也可以按实际发生费用计取，依据总承包单位提供的详细费用支出凭证和计算依据进行计算。这种灵活的计取方式有助于确保施工配合费的合理性和公平性。
支付方式：施工配合费的具体金额、支付方式及时间等应在施工合同中明确约定，作为双方权利义务的依据。根据工程进度或配合工作的完成情况分阶段支付施工配合费，有助于保障施工单位的合法权益，同时也促进了工程的顺利进行。
四、税务处理
营改增后，总包人向分包人收取配合费或协调费时，必须向分包人开具现代服务业的增值税专用发票（分包人是一般纳税人）或现代服务业的增值税专用发票（分包人是小规模纳税人）。这一税务处理要求进一步证明了施工配合费在法律上的合规性。
五、争议处理
在实际操作中，施工配合费可能会引发一些争议，如费用金额争议、配合内容争议等。对于这些争议，双方应首选友好协商，明确诉求和意见，寻求一致解决方案。若协商无果，可以邀请建设行政主管部门、工程造价咨询机构等第三方进行调解，提供专业中立意见。若仍无法解决争议，可根据合同中的仲裁条款或向有管辖权的人民法院提起诉讼，依法解决争议。这些争议处理机制的存在，也进一步保障了施工配合费的合法性和有效性。
建议：在实际操作中，发承包双方应注重合同的签订和管理，确保施工配合费的计取、支付与结算均符合法律法规和合同约定。若遇到相关法律问题，可直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。