结论概述：合作协议到期后双方继续履行的，是否按照原合同结算，需视具体情况而定。一般来说，如果双方没有签订新的协议且继续按照原合同条款履行，那么可以视为双方同意按照原合同结算；但如果双方在继续履行过程中对原合同条款进行了实质性变更，或者存在其他特殊情况，则可能不按照原合同结算。

详细分析：

1. 合同到期后的继续履行性质：

   • 当合作协议到期后，双方如果没有明确表示终止合同，而是继续按照原合同的条款和条件进行履行，这种行为在法律上通常被视为双方对原合同的默示续展或继续履行。
   • 在这种情况下，如果双方没有签订新的书面协议来明确新的权利和义务，那么原合同的条款和条件（包括结算方式）通常仍然适用。

2. 按照原合同结算的条件：

   • 双方无异议：如果双方在继续履行过程中，均未对原合同的结算方式提出异议，且继续按照原方式履行，那么可以视为双方同意按照原合同结算。
   • 无实质性变更：如果双方在继续履行过程中，没有对原合同的实质性条款（如结算方式、价格、数量等）进行变更，那么原合同的结算方式仍然有效。

3. 不按照原合同结算的情况：

   • 实质性变更：如果双方在继续履行过程中，对原合同的实质性条款进行了变更，比如改变了结算方式、价格或数量等，那么新的条款将取代原合同的相应条款，双方应按照新的条款进行结算。
   • 存在特殊情况：如果双方在继续履行过程中，出现了某些特殊情况（如市场环境发生重大变化、政策调整等），导致原合同的结算方式不再适用或显失公平，那么双方可以协商变更结算方式或寻求法律救济。

4. 法律建议：

   • 明确约定：为了避免合作协议到期后继续履行时产生结算纠纷，建议双方在原合同到期前或继续履行前，明确约定是否续签合同以及续签后的结算方式等条款。
   • 保留证据：在继续履行过程中，双方应妥善保留与结算相关的证据（如发票、收据、对账单等），以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
   • 及时沟通：如果双方在继续履行过程中对结算方式存在异议或需要变更，应及时进行沟通并达成书面协议，以避免后续纠纷。

后续行动建议：

• 如果您是合作协议的一方，且合作协议即将到期或已经到期但双方仍在继续履行，建议您及时与对方沟通并明确后续的合作意向和结算方式。
• 如果双方无法就结算方式达成一致意见，或者存在其他纠纷，您可以考虑寻求法律救济或咨询专业律师（即我，魏子清律师）以获取更具体的法律建议。

希望以上分析能够对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。