协议到期后，双方仍在合作，并不当然视为对原协议的续约。这一结论需要从多个角度进行深入分析：
一、法律角度分析
合同到期后的权利义务关系：
- 合同到期意味着原合同约定的权利义务关系终止。若双方在合同到期后继续履行，从法律层面看，这并不直接等同于对原协议的续约。
继续履行的法律解读：
- 继续履行可能是双方基于默契或惯性的临时行为，不一定意味着形成了新的续期合同关系。
- 如果双方以实际行动表明按照原合同的主要条款继续履行，且对原合同未约定的事项也未产生争议，这种持续履行的状态在一定程度上可被视为双方达成了新的合意，存在成立新合同关系（即续期）的可能性。但判断是否续期不能仅依据继续履行这一行为。
续期合同的认定：
- 续期合同的成立需要双方有明确的续期意愿，并通过书面、口头或其他合理方式表达出来。
- 继续履行的范围、期限、条件等是否与原合同一致或有实质性变化，也是判断是否续期的重要因素。
二、实际操作角度分析
双方的行为表现：
- 如果双方在协议到期后，仍然按照原协议的条款进行合作，且没有提出任何异议或修改意见，这可能表明双方有续期的意愿。
- 但如果一方在合作过程中提出了新的要求或条件，而另一方未明确表示接受，则不能简单视为对原协议的续约。
书面确认的重要性：
- 为了避免纠纷和明确双方的权利义务，建议在协议到期后，如果双方有意继续合作，应签订书面的续期协议或补充协议。
- 书面协议可以明确续期的期限、条件、权利义务等关键条款，为双方的合作提供法律保障。
三、风险与建议
风险：
- 如果双方未签订书面续期协议，而继续按照原协议进行合作，一旦发生纠纷，可能面临举证困难的问题。
- 例如，一方可能主张双方已经形成了新的口头协议或事实上的合同关系，而另一方则可能否认这一点。
建议：
- 在协议到期前，双方应就续期事宜进行协商，并明确表达各自的意愿和条件。
- 如果双方有意继续合作，应尽快签订书面的续期协议或补充协议，以明确双方的权利义务和续期的期限等关键条款。
- 如果双方无法就续期事宜达成一致意见，应及时终止合作，并按照原协议的约定处理后续事宜。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份为期一年的合作协议，协议到期后，双方仍然按照原协议的条款进行合作，但未签订书面续期协议。如果在此期间发生纠纷，如一方主张另一方未按照原协议履行义务，而另一方则主张双方已经形成了新的口头协议或事实上的合同关系，此时将面临举证困难的问题。因此，为了避免纠纷和明确双方的权利义务，建议在协议到期后签订书面的续期协议或补充协议。
综上所述，协议到期后双方仍在合作并不当然视为对原协议的续约。为了明确双方的权利义务和避免纠纷，建议在协议到期后签订书面的续期协议或补充协议。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。