员工违反公司规定扣款是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规定合法且扣款合理：

   • 合法性基础：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 合理性判断：公司规定需不违反法律、行政法规及政策规定，且扣款金额需在上述法律规定的限额内，同时需确保扣除后员工工资不低于最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司财产损失1000元，公司规定可扣除当月工资的20%作为赔偿，若员工当月工资为5000元，则扣除1000元后剩余4000元，高于当地最低工资标准，此扣款行为合法。

2. 若公司规定不合法或扣款不合理：

   • 规定不合法：若公司规定违反法律、行政法规或政策规定，如规定“员工迟到一次扣款500元”，此类规定因违反劳动法关于工资支付的规定而无效，公司不得依据此类规定扣款。
   • 扣款不合理：即使公司规定合法，但若扣款金额超过法律规定的限额，或扣除后员工工资低于最低工资标准，亦属违法。例如，员工当月工资为3000元，公司规定因员工轻微违纪扣除当月工资的30%即900元，扣除后剩余2100元，若当地最低工资标准为2200元，则此扣款行为违法。

法律建议：

• 公司角度：公司应制定合法、合理的规章制度，明确扣款情形、标准及程序，并确保规章制度经民主程序制定、公示或告知员工。在扣款时，需严格遵守法律规定的限额，确保扣除后员工工资不低于最低工资标准。
• 员工角度：员工应了解公司规章制度及法律规定，若认为公司扣款行为违法，可与公司协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。

可能法律后果：

• 若公司违法扣款，可能面临劳动监察部门的处罚，如责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。
• 员工若因公司违法扣款而解除劳动合同，公司还需支付经济补偿金。

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