结论：没有公司股东会决议，但只有公章及法人签字的协议，其有效性需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 公章及法人签字的法律效力：

   • 公章是公司对外进行法律行为的重要标识，具有代表公司意志的效力。法人签字则代表了公司法定代表人的个人意志，同时也往往被视为公司意志的体现。
   • 在一般情况下，如果协议上加盖了公司公章，并且有公司法定代表人的签字，那么这份协议在形式上具备了法律效力，可以视为公司对外作出的意思表示。

2. 股东会决议的缺失对协议效力的影响：

   • 股东会决议是公司内部决策机制的重要体现，它反映了公司股东对公司重大事项的共同意志。然而，并非所有公司对外签订的协议都需要股东会决议作为前提。
   • 根据《公司法》及相关法律法规，某些特定类型的交易或行为（如公司为他人提供担保、重大资产处置等）可能需要股东会或董事会的决议。但对于一般性的商业合同，只要符合公司章程和法律法规的规定，且没有损害公司、股东或第三人的利益，即使没有股东会决议，也不必然导致协议无效。

3. 协议有效性的具体判断：

   • 如果协议内容合法合规：且没有违反公司章程或法律法规的强制性规定，同时也没有损害公司、股东或第三人的利益，那么即使没有股东会决议，该协议仍然可能是有效的。
   • 如果协议内容存在违法违规情形：或者违反了公司章程的强制性规定，或者损害了公司、股东或第三人的利益，那么即使协议上有公章和法人签字，该协议也可能被认定为无效。
   • 特殊情形下的协议效力：对于某些特定类型的交易或行为，如公司为他人提供担保，如果未经股东会或董事会决议，根据《公司法》的相关规定，该担保行为可能被视为无效。但这一规则并不适用于所有类型的协议。

4. 实践中的建议：

   • 为了避免潜在的法律风险，公司在对外签订协议时，应尽量确保协议内容符合公司章程和法律法规的规定，并尽可能取得股东会或董事会的决议（如果需要）。
   • 如果确实无法取得股东会或董事会的决议，公司应谨慎评估协议的法律风险，并在必要时咨询专业律师的意见。

总结与建议：没有公司股东会决议，但只有公章及法人签字的协议，其有效性并非绝对。它取决于协议的内容、是否违反法律法规或公司章程的规定，以及是否损害了公司、股东或第三人的利益。因此，在签订此类协议时，公司应谨慎评估法律风险，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。