结论：间接持有发行人5%以上股份的股东的子公司，在一般情况下，可以被认定为关联方，但具体还需根据关联关系的具体定义和实际情况来判断。

分析说明：

1. 关联方的定义：

   • 关联方通常指的是在财务和经营决策中，如果一方有能力直接或间接控制、共同控制另一方或对另一方施加重大影响，或者两方或多方同受一方控制，那么这些方就被视为关联方。这一定义涵盖了直接和间接的控制关系。

2. 间接持有股份的情况：

   • 当某个股东间接持有发行人5%以上的股份时，这意味着该股东通过其直接或间接控制的其他实体（如子公司）对发行人拥有显著的影响力。这种影响力可能体现在财务决策、经营策略或管理层任命等方面。

3. 子公司的地位：

   • 子公司是母公司直接或间接控制的企业。在关联关系的判断中，子公司的行为通常被视为母公司行为的延伸。因此，如果母公司是发行人的间接大股东，那么其子公司也很可能被视为与发行人存在关联关系。

4. 具体判断因素：

   • 在判断间接持有发行人5%以上股份的股东的子公司是否构成关联方时，除了考虑股份持有比例外，还需要考虑实际控制关系、业务往来、资金往来、共同投资或合作等多个方面。如果子公司与发行人之间存在这些方面的紧密联系，那么它们很可能被视为关联方。

5. 法律法规的参考：

   • 根据相关法律法规（如《公司法》、《证券法》以及相关会计准则等），对于关联方的认定有具体的规定和标准。这些规定和标准通常包括股份持有比例、控制关系、业务往来等多个方面。因此，在判断时，应参考这些法律法规的具体规定。

法律建议：

• 如果您是发行人或相关方，在涉及关联交易或关联方认定时，建议仔细审查相关法律法规和会计准则的规定，确保合规性。
• 如果您对某个具体实体是否构成关联方存在疑问，建议咨询专业的法律或财务顾问，以获取准确的判断和建议。
• 在进行关联交易时，应确保交易的公平性和透明度，避免利益输送或损害其他股东利益的行为。

可能后果：

• 如果被认定为关联方而未进行适当披露或合规处理，可能会面临监管机构的处罚或投资者的诉讼。
• 关联交易的不当处理可能会影响公司的声誉和股价表现，进而对公司的长期发展产生负面影响。