公司克扣员工工资，员工申请劳动仲裁的赔偿计算及流程如下：
一、赔偿计算
克扣工资的返还：
- 公司克扣员工工资，员工在申请劳动仲裁时，首要诉求是要求公司返还被克扣的工资。这部分金额的计算相对直接，即员工被克扣的实际工资数额。
经济补偿金（如适用）：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，如果公司克扣工资的行为导致员工解除劳动合同，员工有权要求公司支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算通常依据员工在公司的工作年限和月工资水平。具体公式为：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资。其中，月工资是指员工在劳动合同解除前十二个月的平均工资。
- 举例：若员工在公司工作了5年，月工资为8000元，因公司克扣工资而解除劳动合同，则员工可要求的经济补偿金为5年 × 8000元/年 = 40000元。
加付赔偿金（如适用）：
- 在某些情况下，如公司克扣工资且拒不支付，员工在申请劳动仲裁时，还可以要求公司加付赔偿金。
- 加付赔偿金的计算通常依据被克扣工资的百分比，具体比例可能因地区或具体法规而异，但一般不超过被克扣工资的100%（即双倍赔偿的极端情况需依据具体法律条款，此处为一般性说明）。不过，更常见的是按照一定比例（如50%-100%）加付，具体需参照当地劳动法规。
- 需注意：加付赔偿金并非所有克扣工资案件都适用，需根据具体情况和当地法规判断。
二、劳动仲裁流程
准备证据：
- 员工需要收集并整理与克扣工资相关的证据，如工资条、银行转账记录、公司克扣工资的通知或邮件等。
提交仲裁申请：
- 员工应向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
仲裁受理：
- 劳动争议仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，会通知双方当事人并安排开庭时间。
开庭审理：
- 在开庭时，双方当事人需要出庭并陈述自己的主张和理由。仲裁庭会根据双方提供的证据和陈述进行裁决。
裁决执行：
- 如果仲裁庭裁决公司需要支付克扣的工资、经济补偿金或加付赔偿金等，公司应在规定期限内履行裁决。如果公司拒不履行，员工可以向法院申请强制执行。
三、其他建议
- 及时咨询：由于劳动仲裁涉及法律程序和证据收集等复杂问题，建议员工在申请前及时咨询专业律师（如我，侯泽英律师，专注于工伤赔偿、合同纠纷领域），以获取更具体的法律建议和指导。
- 保留证据：在整个过程中，员工应妥善保留所有与克扣工资相关的证据材料，以便在仲裁或诉讼中使用。
- 关注时效：劳动仲裁有一定的时效限制，员工应在知道或应当知道自己的权益被侵害之日起一年内申请仲裁。
希望以上信息能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。