结论：公司因经营困难按最低标准缴纳社保是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司未与员工协商一致，单方面按最低标准缴纳社保，属于违法行为
   根据《社会保险法》第六十条，用人单位必须按员工实际工资总额申报社保缴费基数。若员工实际工资高于当地社平工资的60%（即最低缴费基数），公司擅自按最低标准缴纳，属于未足额缴纳社保，员工可向当地社保部门投诉，要求公司补缴差额。
   法律依据：《社会保险法》第六十条、第八十六条（未足额缴纳的，由社保征收机构责令补缴，并自欠缴之日起按日加收万分之五滞纳金）。

2. 若公司因经营困难，与员工协商一致后按最低标准缴纳，可能被允许，但需满足严格条件
   部分地区（如广东、浙江）允许企业与工会或职工代表协商，通过民主程序（如职工大会表决）后，临时降低缴费基数，但需满足以下条件：

   • 企业需提供经营困难的证明（如财务报表、审计报告）；
     
   • 降低后的缴费基数不得低于当地最低缴费基数；
     
   • 需向社保部门备案，且仅限临时调整（通常不超过1年）；
     
   • 调整期间不得影响员工社保待遇（如医保报销、养老金计算基数）。
     注意：此政策具有地域性，需以当地社保部门规定为准。

3. 若公司长期按最低标准缴纳，即使员工未提出异议，仍可能面临法律风险
   社保缴费基数与员工未来待遇（如养老金、失业金）直接挂钩。即使员工未主动维权，公司仍可能因“未足额缴纳”被社保部门稽查，或员工离职后通过劳动仲裁要求补缴。
   风险提示：公司可能面临补缴社保、滞纳金、行政处罚，甚至影响企业信用评级。

建议：

• 若公司确因经营困难需调整缴费基数，应优先与员工协商，并咨询当地社保部门是否允许临时调整；
  
• 员工若发现公司未足额缴纳社保，可向当地社保局（12333）或劳动监察大队投诉，要求公司补缴；
  
• 双方均可通过法律途径解决争议，但需注意时效（劳动仲裁时效为1年）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或地区政策差异。