结论：复议机关以超过5年为由驳回相对人的申诉，这一做法在特定情形下可能合法，但并非绝对，需结合具体情况判断。

分析如下：

1. 关于政府信息公开的复议期限：

   • 通常情况下，行政复议的申请期限是自知道该具体行政行为之日起六十日内提出，但法律规定的申请期限超过六十日的除外。对于政府信息公开的复议，一般也遵循这一原则。然而，若涉及的是历史遗留问题，如平反文件恶意隐瞒的情况，可能因时间跨度长而涉及特殊规定。

2. 关于“超过5年”的驳回理由：

   • 复议机关以超过5年为由驳回申诉，可能是基于某种对时效的特定理解或规定。但需注意的是，在行政复议法中，并没有直接规定超过5年就不得申请复议的条款。因此，这一驳回理由是否合法，需看其是否依据了特定的法律、法规或规章，以及这些规定是否适用于当前情况。
   • 如果复议机关所依据的是某种内部规定或地方性法规，且这些规定与上位法（如行政复议法）不冲突，且确实适用于政府信息公开的复议案件，那么其驳回决定可能是合法的。但若这些规定与上位法相冲突，或不适用于当前情况，则驳回决定可能不合法。

3. 关于平反文件恶意隐瞒的特殊性：

   • 平反文件恶意隐瞒33年，这是一个涉及历史遗留问题和人权保障的特殊情况。在这种情况下，相对人可能因长期不知情而无法及时行使复议权利。因此，复议机关在处理此类案件时，应更加谨慎地考虑时效问题，避免简单以超过期限为由驳回申诉。
   • 如果相对人能够提供充分证据证明其因平反文件被恶意隐瞒而长期不知情，且这种不知情是合理的、不可避免的，那么复议机关应考虑给予其适当的救济途径，如受理其复议申请或引导其通过其他法律途径解决。

4. 相对人的后续行动建议：

   • 如果相对人对复议机关的驳回决定不服，可以考虑向人民法院提起行政诉讼，请求法院对复议决定的合法性进行审查。
   • 在提起行政诉讼前，相对人应尽可能收集相关证据，证明其因平反文件被恶意隐瞒而长期不知情，以及这种不知情是合理的、不可避免的。这些证据将有助于法院在审理案件时作出公正的判决。

总结与建议： 复议机关以超过5年为由驳回相对人的申诉，其合法性需结合具体情况判断。如果相对人认为复议机关的驳回决定不合法，可以考虑向人民法院提起行政诉讼。在处理此类历史遗留问题时，应更加注重人权保障和公平正义，避免简单以时效为由剥夺相对人的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。