公司规定员工年休一次不能超过两天是否合法，主要取决于员工的具体工作年限以及国家相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
对于累计工作不满1年的新员工：
- 法律并未强制要求公司为这类员工提供带薪年假。因此，如果公司规定年休一次不能超过两天，且该规定不违反其他法律法规，同时得到了员工的同意，那么这一规定通常被视为合法。但值得注意的是，即使法律没有强制要求，公司出于人性化管理考虑，也可以适当给予新员工一定的年假。
对于累计工作已满1年不满10年的员工：
- 根据《职工带薪年休假条例》第三条的规定，这类员工应享有至少5天的带薪年假。如果公司规定年休一次不能超过两天，这明显减少了员工应得的年假天数，侵犯了员工的合法权益，因此是不合法的。员工有权向公司提出异议，并要求按照法律规定享受相应的年假待遇。
对于累计工作已满10年不满20年的员工：
- 法律规定的带薪年假为10天。若公司规定年休一次不能超过两天，这远低于法定标准，显然属于违法行为。员工应依法维护自己的权益，可以向公司提出申诉或向劳动监察部门举报。
对于累计工作已满20年的员工：
- 此类员工应享有的带薪年假为15天。公司若规定年休一次不能超过两天，同样违反了法律规定，员工有权采取相应措施维护自身权益。
法律建议：
- 员工在入职前应仔细了解公司的年假政策，并与国家法律法规进行比对，确保自己的合法权益不受侵害。
- 如发现公司规定的年假天数低于法定标准，员工应及时与公司沟通协商，要求调整年假政策以符合法律规定。在协商过程中，可以引用《职工带薪年休假条例》的相关规定作为依据。
- 若公司拒绝调整或协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，寻求法律援助以维护自己的合法权益。在投诉举报时，应提供充分的证据证明公司的违法行为。
可能法律后果：
- 如果公司违反法律规定减少员工的年假天数，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 员工因公司违法行为而遭受损失的，有权要求公司进行赔偿。赔偿范围可能包括应休未休年假的工资报酬、因维权而产生的合理费用等。
综上所述，公司规定员工年休一次不能超过两天是否合法，取决于员工的具体工作年限及国家相关法律法规的规定。员工应充分了解自己的权益，并在必要时采取相应措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。