结论前置：军转干部在地方购买了商品房后，部队的公寓房通常需要清退，但具体是否需要立即清退以及清退的具体流程和要求，需结合军队的具体规定和实际情况来判断。
一、军队公寓房的性质与腾退原则
军队公寓房是主要为在职军队人员提供的临时性住所，其产权归军队所有。军队人员的住房保障与其身份和服役状态紧密相连。当军人转业，即退出现役后，通常不再具备使用军队公寓房的资格。依据军队住房管理的相关规定，转业军人应腾退所住用的公寓住房，这是基于军队住房资源的合理分配和使用原则。
二、腾退的具体要求与流程
腾退时间：
- 转业军人通常需在办理转业离队手续后的一定期限内完成公寓房腾退。具体时间要求根据各单位管理规定和实际情况有所不同，一般会给予合理时间安排后续住房。例如，有的单位可能要求在离队当年或次年6月底前腾退。
腾退流程：
- 军队相关部门会书面通知需清退人员，明确清退时间与要求。
- 住户腾退后，相关部门会进行房屋验收，检查设施完好性及是否存在损坏。如有损坏，需按规赔偿或修复。
- 验收合格后，双方签署交接清单，完成正式交接手续。
三、特殊情况的处理
伤病残无法行动人员：
- 经大单位后勤部门审批后，可在合理期限内暂时不腾退公寓住房，但需提供相关医疗证明。
家属无其他住房且确实无力购房的：
- 由个人提出申请，经大单位后勤部门审核，可适当延缓腾退时间，但最长不得超过规定的期限（如6个月）。
符合借住条件的人员：
- 如配偶在当地城镇确无其他住房，且个人和配偶享受住房补贴未达到标准面积，经批准后可暂时借住原住房，但需按规定交纳房租和水电暖等费用。
四、违规处理的措施
- 对于逾期拒不腾退的，军队将采取强制措施予以收回，并追缴非法占用期间的租金及罚款。
- 拒不腾退住房的军队转业干部，还可能依据相关规定给予党纪政纪处分直至追究刑事责任。
五、实际建议
了解具体政策：
- 由于军队住房管理政策可能因地区、单位等因素而有所不同，建议军转干部在面临腾退问题时，首先咨询所在单位的后勤部门或相关部门，了解具体的政策和规定。
合理规划住房：
- 在转业前，军转干部应合理规划自己的住房问题，确保在腾退军队公寓房后，有合适的住所可住。
保留相关证据：
- 在办理腾退手续过程中，务必保留好相关的文件和证据，如腾退通知、交接清单等，以备不时之需。
总结：军转干部在地方购买了商品房后，通常需要按照军队的相关规定腾退部队的公寓房。但具体是否需要立即清退以及清退的具体流程和要求，需结合军队的具体规定和实际情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。