针对您提出的问题，即当兵出来后原农村有房，后政府占用的过渡安置费是否要退回合法，以下是我的详细分析：
过渡安置费的性质与目的
- 过渡安置费通常是政府在征收土地或房屋时，为了保障被征收人的临时居住需求而支付的费用。其目的在于确保被征收人在房屋被征收后至获得新的住房之前，有合适的居住场所。
是否需要退回过渡安置费
- 一般情况：在正常情况下，如果政府已经按照相关规定支付了过渡安置费，并且被征收人已经接受了这笔费用用于临时居住，那么在没有特殊约定或法律规定的情形下，被征收人通常不需要退回这笔费用。
- 特殊情况：然而，如果存在以下情形之一，被征收人可能需要退回部分或全部过渡安置费：
- 重复领取：如果被征收人通过其他途径已经获得了相应的临时居住补偿，或者同时从多个渠道领取了过渡安置费，那么可能需要退回重复领取的部分。
- 未按规定使用：如果过渡安置费被用于非临时居住目的，或者被征收人未按照政府的要求使用这笔费用，政府可能要求其退回。
- 合同或协议约定：如果被征收人与政府之间签订了相关的合同或协议，并且其中明确规定了过渡安置费的退回条件，那么被征收人需要按照合同或协议的约定执行。
法律背景与建议
- 法律背景：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，政府在征收土地或房屋时，应当给予被征收人合理的补偿，包括房屋补偿、搬迁补偿和临时安置补偿等。过渡安置费作为临时安置补偿的一部分，其支付和退回应当遵循相关法律法规的规定。
- 建议：
- 如果您对过渡安置费的支付或退回有疑问，建议首先查阅您与政府之间签订的相关合同或协议，了解其中关于过渡安置费的约定。
- 如果合同或协议中没有明确规定，或者您对合同或协议的内容有疑问，建议咨询当地政府相关部门或专业律师，以获取更准确的法律意见。
- 在任何情况下，都应当保留好与过渡安置费相关的所有文件和凭证，以便在需要时提供证明。
综上所述，当兵出来后原农村有房，后政府占用的过渡安置费是否需要退回，取决于多种因素，包括是否重复领取、是否按规定使用以及合同或协议的约定等。如果您对此有疑问，建议咨询当地政府相关部门或向我直接咨询，以获取更准确的法律意见。