结论：周六周日不上班是否扣全勤，需结合公司规章制度及劳动合同判断，但仅因周末不上班就扣全勤可能不合法；而周六周日上班是否应支付加班费，则需根据是否为标准工时制及公司安排综合判断，若符合加班情形，公司应支付加班费。以下为详细分析：

一、关于周六周日不上班扣全勤的合法性

1. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司规章制度或劳动合同中若明确规定，周末不上班将扣除全勤奖，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除全勤奖的行为可能被视为合法。但前提是，该规章制度必须经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。
   • 若规章制度或劳动合同中未明确规定周末不上班将扣除全勤奖，或者规定本身违反法律法规的强制性规定（如无故克扣工资等），则公司扣除全勤奖的行为可能不合法。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，公司不得随意剥夺。若周末属于劳动者的正常休息日，且劳动者未违反公司规章制度或劳动合同中的其他规定，公司仅因周末不上班就扣除全勤奖，可能构成对劳动者休息休假权利的侵犯。

二、关于周六周日上班是否应支付加班费

1. 标准工时制下的加班费支付：

   • 在标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时。若公司安排劳动者在周六周日上班，且未安排补休，则应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资（即加班费）。
   • 计算公式：加班费 = 日工资标准 × 200% × 加班天数（或小时数）。其中，日工资标准 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（月计薪天数通常为21.75天）。

2. 综合计算工时制与不定时工时制下的加班费支付：

   • 若公司实行综合计算工时制或不定时工时制，且经劳动行政部门批准，则周六周日上班不一定构成加班。但在此情况下，公司仍需确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并按照相关规定支付加班费（如存在超时工作的情况）。

3. 公司安排与劳动者意愿：

   • 无论实行何种工时制，若公司安排劳动者在周六周日上班，且劳动者同意并实际提供了劳动，则公司应支付加班费。若劳动者拒绝公司安排的加班，且未违反公司规章制度或劳动合同中的其他规定，则公司不得因此扣除劳动者的工资或全勤奖。

三、建议与行动指南

1. 审查公司规章制度与劳动合同：

   • 劳动者应仔细审查公司规章制度及劳动合同中关于周末上班、全勤奖及加班费支付的相关规定，确保自己的权益不受侵犯。

2. 与公司沟通协商：

   • 若公司存在扣除全勤奖或未支付加班费的情况，劳动者可与公司进行沟通协商，要求公司按照法律法规及规章制度的规定支付相应费用。

3. 寻求法律援助：

   • 若沟通协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，劳动者可咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。

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