结论：公司按制度扣钱是否合法，需根据具体情况判断，关键在于扣钱是否有合法依据、是否合理且程序正当。以下从合法与违法两种情形详细分析：

一、合法扣钱的情形

1. 法定代扣代缴

   • 税款：根据《中华人民共和国个人所得税法》，公司必须从员工工资中代扣代缴个人所得税，这是法律义务，合法合规。
     
   • 社保费用：依据《中华人民共和国社会保险法》，公司需代扣员工个人应缴的社会保险费用（如养老保险、医疗保险等），并按时足额缴纳至社保机构。
     
   • 其他法定费用：如法院判决要求代扣的抚养费、赡养费等，公司也有权依法扣除。

2. 依据合法规章制度扣钱

   • 制度合法性：公司规章制度需满足三个条件：
     
     • 民主程序制定：如经职工代表大会讨论通过或与工会、职工代表平等协商确定；
       
     • 内容合法：不违反法律法规强制性规定（如最低工资标准、加班费等）；
       
     • 公示告知：需向员工公示或告知，确保员工知悉。
       
   • 常见情形：如员工旷工、迟到早退、违反操作规程等，公司可依据制度扣减相应工资或奖金。
     
   • 示例：若公司制度规定“旷工一天扣发当日工资的200%”，但扣除后工资低于当地最低工资标准，则该条款因违法而无效。

3. 因员工原因造成经济损失的赔偿

   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，员工因个人原因（如故意或重大过失）给公司造成经济损失，公司可要求赔偿，并从工资中扣除，但需满足：
     
     • 扣除限额：每月扣除部分不得超过当月工资的20%；
       
     • 最低工资保障：扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
       
   • 示例：员工因操作失误导致公司设备损坏，维修费用为5000元，若员工月工资为3000元，公司每月最多只能扣除600元（3000×20%），直至扣完5000元。

4. 绩效不达标扣减绩效工资

   • 前提条件：绩效考核制度需公平、公正，且明确规定绩效不达标的扣减措施（如扣减比例、计算方式等）。
     
   • 示例：若公司制度规定“季度绩效评分低于60分，扣减当月绩效工资的30%”，且员工签字确认，则公司可依法扣减。

二、违法扣钱的情形

1. 无故克扣工资

   • 定义：公司无任何合法理由（如未提供劳动、未完成工作任务等）随意扣减员工工资。
     
   • 示例：员工全勤且无过错，公司却以“公司效益不好”为由扣发工资，属于违法。

2. 克扣工资作为惩罚手段

   • 定义：公司以罚款形式扣减工资，但缺乏法律依据或规章制度支持。
     
   • 关键点：公司一般不具有罚款权（罚款属行政处罚，仅行政机关有权实施），除非法律明确授权（如《企业职工奖惩条例》已废止，现无相关授权）。
     
   • 示例：员工因未穿工装被扣款200元，若公司制度未规定此情形，则扣款违法。

3. 规章制度未经法定程序制定或公示

   • 定义：公司扣钱制度未经过民主程序制定，或未向员工公示、告知。
     
   • 后果：该制度对员工不具有约束力，公司依据此制度扣钱违法。
     
   • 示例：公司突然出台新制度规定“迟到一次扣款500元”，但未经过职工代表大会讨论，也未公示，员工有权拒绝扣款。

4. 扣钱导致工资低于最低工资标准

   • 定义：公司扣钱后，员工当月工资低于当地最低工资标准。
     
   • 后果：公司需补足差额，并可能面临劳动行政部门处罚。
     
   • 示例：当地最低工资标准为2000元/月，员工工资为2500元，公司因员工旷工扣款600元后，员工当月工资仅为1900元，低于最低标准，属于违法。

三、员工维权建议

1. 与公司沟通协商：首先尝试与公司沟通，要求说明扣钱依据并提供证据（如制度条款、损失证明等）。
   
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，由其对公司的扣钱行为进行调查和处理。
   
3. 申请劳动仲裁：若投诉未解决问题，可依法向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司返还违法扣款并支付赔偿金。
   

总结：公司按制度扣钱是否合法，需结合扣钱原因、制度合法性及程序正当性综合判断。员工在遭遇违法扣款时，应积极维权，确保自身合法权益不受侵害。如有疑问，可直接向我咨询。