在建设工程已经通过验收的情况下，诉讼中发包人申请工程质量鉴定的，法院是否支持需分情况讨论：
若验收合格且无相反证据：
- 通常情况下，建设工程通过验收意味着工程质量符合合同约定及相关标准，发包人已认可工程质量。在此情况下，若发包人未能在验收过程中提出质量异议，且在诉讼中未能提供初步证据证明工程质量存在瑕疵或不符合约定，法院一般不会支持其重新进行工程质量鉴定的申请。因为验收合格本身即构成对工程质量的确认，发包人应承担验收合格的法律后果。
若验收合格但存在特殊情形：
- 存在隐蔽瑕疵或验收程序违法：如果发包人能够提供初步证据，证明建设工程虽已通过验收，但存在隐蔽瑕疵（如内部结构问题、材料质量问题等），或者验收程序存在违法情形（如验收人员不具备相应资质、验收过程未按照约定或法定程序进行等），导致验收结果不能真实反映工程质量，法院可能会支持发包人重新进行工程质量鉴定的申请。
- 合同有特别约定：如果建设工程合同中明确约定，即使工程通过验收，发包人在一定期限内仍有权对工程质量提出异议并申请鉴定，或者约定了特定的质量保证期或质量异议期，且在该期限内发包人提出了质量异议，法院也可能会根据合同约定支持其鉴定申请。
法律后果与风险提示：
- 若法院支持鉴定申请：一旦法院支持发包人的鉴定申请，且鉴定结果显示工程质量确实存在瑕疵或不符合约定，承包人可能需要承担修复、返工、赔偿损失等法律责任。这不仅会影响承包人的声誉和经济效益，还可能引发进一步的法律纠纷。
- 若法院不支持鉴定申请：如果法院不支持发包人的鉴定申请，发包人将承担举证不能的法律后果，即无法证明工程质量存在问题，从而可能面临败诉的风险。同时，这也意味着发包人需要按照合同约定支付工程价款，并承担因拖延支付而可能产生的违约责任。
法律建议：
- 对于发包人而言，在建设工程验收过程中应严格把关，确保验收程序合法、验收人员具备相应资质，并仔细审查工程质量。如发现质量问题，应及时提出异议并保留相关证据。在诉讼中，如需申请工程质量鉴定，应提供充分的初步证据证明工程质量存在瑕疵或不符合约定。
- 对于承包人而言，应确保工程质量符合合同约定及相关标准，积极配合验收工作，并在验收合格后及时与发包人办理工程结算和价款支付手续。如面临发包人的质量异议或鉴定申请，应积极应对，提供相反证据证明工程质量合格。
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