结论：若查证时间超过24小时但案件正在进行，需根据具体情况判断是否合法，并考虑后续的法律程序与救济途径。以下是对此问题的详细分析：
一、查证时间超过24小时的合法性判断
一般规定：
- 在刑事诉讼中，对犯罪嫌疑人的传唤、拘传持续时间通常不得超过12小时；案情特别重大、复杂，需要采取拘留、逮捕措施的，经县级以上公安机关负责人批准，传唤、拘传持续时间不得超过24小时。这是为了保障犯罪嫌疑人的合法权益，防止长时间拘禁导致的非法取证等问题。
超过24小时的情况：
- 如果查证时间确实超过了24小时，且没有合法的延长手续（如经县级以上公安机关负责人批准的延长拘留期限等），那么这种行为可能构成非法拘禁或超期羁押，是违法的。
- 但若案件正在进行中，且存在特殊情况（如案情复杂、需要进一步调查取证等），且已经按照法定程序办理了延长手续，那么查证时间超过24小时可能是合法的。
二、案件正在进行中的处理
合法延长的情况：
- 如果查证时间超过24小时是合法的延长，那么案件将继续按照法定程序进行。此时，犯罪嫌疑人及其家属应配合公安机关的工作，同时也有权要求公安机关依法保障其合法权益。
非法超期的情况：
- 如果查证时间超过24小时是非法超期，犯罪嫌疑人或其家属可以采取以下措施：
- 向公安机关提出异议：要求公安机关立即释放犯罪嫌疑人或说明超期羁押的合法理由。
- 向检察机关申诉：如果公安机关不予理会或处理不当，可以向同级或上级检察机关申诉，要求检察机关对公安机关的违法行为进行监督。
- 申请国家赔偿：如果因非法超期羁押导致犯罪嫌疑人遭受损失，可以依法申请国家赔偿。
三、后续法律程序与救济途径
法律程序：
- 无论查证时间是否合法，案件都将继续按照刑事诉讼法的规定进行。这包括侦查、审查起诉、审判等阶段。
- 在每个阶段，犯罪嫌疑人都有权委托律师为其辩护，律师将依法保障犯罪嫌疑人的合法权益。
救济途径：
- 如果犯罪嫌疑人认为自己的合法权益受到侵害，可以通过法律途径寻求救济。这包括申请复议、申诉、提起行政诉讼或国家赔偿等。
- 在此过程中，律师将提供专业的法律帮助和指导，确保犯罪嫌疑人的权益得到充分保障。
四、建议与提醒
- 及时咨询律师：如果犯罪嫌疑人或其家属对查证时间或案件进展有疑问，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务。
- 保留证据：在案件处理过程中，应保留好所有相关证据和文件，以便在需要时提供证明。
- 配合调查：虽然有权保障自己的合法权益，但犯罪嫌疑人及其家属也应配合公安机关的调查工作，以便案件能够顺利处理。
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