针对您提到的“公司案件调查超过48小时了，我们应该怎么办”的问题，以下是我的建议：

1. 明确调查性质与目的：

   • 首先，需要确认这次调查是由哪个机构或部门发起的，是内部自查、行政机关的调查，还是司法机关的侦查？
   • 了解调查的具体内容和目的，以便更好地应对。

2. 评估当前状况：

   • 回顾调查已经进行的时间、内容和进展，分析是否存在任何违规行为或潜在的法律风险。
   • 评估公司当前的应对措施是否得当，是否需要调整策略。

3. 加强内部沟通与协作：

   • 确保公司内部相关部门和人员之间的信息畅通，形成统一的应对口径。
   • 组建专门的应对小组，负责处理与调查相关的一切事宜。

4. 积极配合调查：

   • 无论调查是由谁发起的，公司都应积极配合，提供所需的文件和资料。
   • 对于调查中的询问，应如实回答，避免隐瞒或提供虚假信息。

5. 寻求专业法律支持：

   • 如果调查涉及复杂的法律问题，或者公司担心可能面临法律风险，应及时寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以协助公司分析调查情况，提供法律建议，并代表公司与调查机构沟通。

6. 保护公司权益：

   • 在配合调查的同时，也要注意保护公司的合法权益。
   • 如果调查过程中存在任何不当行为或侵犯公司权益的情况，应及时向相关部门反映并寻求救济。

7. 总结与反思：

   • 无论调查结果如何，公司都应进行总结与反思。
   • 分析调查中发现的问题和不足，以便在未来的经营和管理中加以改进。

请您根据公司的具体情况和调查的实际进展，结合上述建议制定相应的应对策略。如果您在应对过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。