核心结论：当合伙未按出资比例出资且公司出现亏损时，处理方式需结合公司章程约定、股东协议内容以及法律规定综合判断，具体可从以下角度分析：

1. 优先审查公司章程或股东协议的约定

• 若章程/协议明确约定出资比例与利润分配、亏损承担比例不一致：根据《公司法》第34条，股东可约定不按出资比例分取红利或承担亏损，但需全体股东一致同意并书面记载。此时，即使部分股东未足额出资，仍需按约定比例承担亏损，但未出资股东可能面临违约责任（如补足出资、赔偿损失等）。
• 若章程/协议未约定或约定模糊：默认按实际出资比例承担亏损（《公司法》司法解释三第13条），但未出资股东需对其他股东承担违约责任，且公司可要求其履行出资义务。

2. 未出资股东的法律责任

• 对公司的责任：公司可要求未出资股东缴纳出资，并支付逾期利息或违约金（《公司法》第28条）。若公司无法清偿债务，债权人可要求未出资股东在未出资范围内承担补充赔偿责任（《公司法》司法解释三第13条）。
• 对其他股东的责任：若因未出资导致公司损失（如错过投资机会、增加融资成本等），其他股东可主张其赔偿实际损失（《民法典》第577条）。

3. 亏损承担的实务操作

• 步骤一：召开股东会，通过审计确认亏损金额及未出资情况。
• 步骤二：根据章程/协议约定或实际出资比例，划分各股东应承担的亏损份额。
• 步骤三：向未出资股东发出书面催告，要求其限期补足出资或承担亏损差额。
• 步骤四：若未履行，可通过诉讼或仲裁追究其责任，并申请强制执行其财产。

4. 特殊情形：抽逃出资或虚假出资

• 若股东通过虚构交易、关联方转移资金等方式抽逃出资，除需返还出资外，还可能面临行政处罚（《公司法》第200条），甚至刑事责任（《刑法》第159条）。
• 虚假出资（如伪造验资报告）的股东，需承担与未出资相同的法律责任。

5. 建议与风险提示

• 短期措施：立即固定未出资证据（如银行流水、验资报告），发送律师函催告履行义务。
• 长期规划：修订公司章程，明确出资违约的惩罚机制（如股权稀释、表决权限制），并约定亏损承担的具体规则。
• 风险提示：若未出资股东无财产可供执行，公司或其他股东可能面临实际损失，需提前评估风险并设置担保措施（如要求股东提供个人资产抵押）。

总结：公司亏损时，未按出资比例出资的股东需根据章程/协议约定或实际出资情况承担责任，同时可能面临对内对外的多重法律后果。建议优先通过协商或股东会决议解决，若无法达成一致，及时启动法律程序维护权益。如有具体案例或证据材料，可进一步向我提供细节，以便针对性分析。