结论：非法营运现场证据不足时，一般不能直接扣车，但需结合具体情况和执法程序综合判断。以下从法律程序、证据要求、执法权限等角度详细分析：

1. 执法权限与扣车依据

根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十二条及《行政处罚法》相关规定，交通执法部门对涉嫌非法营运的车辆，需有初步证据证明其存在违法行为（如未取得经营许可擅自从事客运或货运），方可依法采取扣押车辆等行政强制措施。
关键点：

• 扣车属于行政强制措施，必须基于“存在违法行为且证据可能灭失或难以取得”的前提。
  
• 若现场证据不足（如无乘客证言、无交易记录、无营运标识等），执法部门无权直接扣车，否则可能构成程序违法。

2. 证据不足时的处理方式

若现场证据不足以证明非法营运，执法部门通常应：

• 补充调查：通过询问当事人、调取监控、核查车辆轨迹等方式进一步取证。
  
• 放行车辆：若无法补充证据，应立即解除扣押措施，返还车辆。
  
• 例外情形：若车辆本身存在其他违法行为（如超载、无牌无证），可依据其他法规扣车，但需与非法营运无关。
  

案例参考：
某地交通局因仅凭“车辆外观疑似营运”扣车，后因无法提供乘客证言或交易记录，被法院判决撤销行政强制措施并赔偿车主损失。

3. 车主的救济途径

若车辆被非法扣押，车主可：

• 现场申诉：要求执法人员出示扣押依据，若无法提供可拒绝扣车。
  
• 行政复议：向上一级交通部门或同级政府申请复议，要求撤销扣押决定。
  
• 行政诉讼：直接向法院起诉，主张执法部门程序违法并索赔。
  

法律依据：
《行政强制法》第二十八条：行政机关解除查封、扣押后，应当立即退还财物；因查封、扣押发生的保管费用由行政机关承担。

4. 实务建议

• 对执法部门：严格遵循“先取证、后扣车”原则，避免因程序瑕疵导致行政行为被撤销。
  
• 对车主：保留车辆行驶证、驾驶证等证件，配合调查但勿承认非法营运行为；若被扣车，及时咨询律师并通过法律途径维权。
  

总结：非法营运的认定需以充分证据为前提，证据不足时扣车缺乏合法性。若您遇到此类情况，可直接向我咨询具体应对方案，我会结合证据材料和执法程序为您分析维权路径。