因非法营运活动被扣留驾驶证的，需根据具体情况接受处罚并处理后续事宜，核心处理方式包括接受行政处罚、申请行政复议或提起行政诉讼。以下是详细说明：

1. 接受行政处罚
   根据《道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
   若驾驶证被扣留，通常是因为非法营运行为同时违反了《道路交通安全法》中关于“驾驶机动车从事客运经营未随车携带证件”等规定（如《道路交通安全法》第九十五条）。此时需配合交通管理部门完成调查，接受罚款、扣分等处罚，并按要求取回驾驶证。

2. 申请行政复议
   若认为扣留驾驶证的行政行为违法（如执法程序错误、证据不足等），可在知道该行为之日起60日内向上一级交通管理部门或本级人民政府申请行政复议。复议机关将审查原行政行为的合法性，若认定违法，会撤销或变更原处罚决定。

3. 提起行政诉讼
   对行政复议结果不服，或未申请复议直接起诉的，可在收到复议决定书之日起15日内，或知道原行政行为之日起6个月内，向法院提起行政诉讼。法院将通过审判程序判决撤销、变更或维持原行政行为。

注意事项：

• 非法营运的认定需以“未取得经营许可”为核心，若已取得许可但未随车携带证件，处罚力度较轻（通常为警告或罚款，不直接扣留驾驶证）。
  
• 驾驶证扣留期间不得驾驶机动车，否则可能面临“无证驾驶”的进一步处罚（如罚款、拘留）。
  
• 建议保留执法文书、缴费凭证等证据，以便后续维权。
  

如有具体案件细节（如是否已取得许可、扣留程序是否合法等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性建议。