汽车客运站改造工程民营投资是否合法，需结合具体情况判断，但总体而言，在符合相关法律法规和政策要求的前提下，民营投资是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律法规层面
投资准入：
- 根据我国相关法律法规，并未明确禁止民营资本进入汽车客运站改造工程领域。民营资本作为市场主体之一，享有与其他资本同等的投资权利。
- 民营投资需遵守国家关于投资管理的相关规定，如进行项目备案、审批等程序，确保投资行为的合法性和合规性。
行业规范：
- 汽车客运站作为公共交通基础设施，其改造工程需符合国家和地方关于交通运输、城市规划、环境保护等方面的行业规范。
- 民营投资在改造过程中，需确保工程质量和安全，遵守相关行业标准和技术规范。
二、政策支持层面
鼓励民营投资：
- 近年来，我国政府积极鼓励民营资本参与基础设施建设，包括交通、能源、水利等领域。汽车客运站改造工程作为交通基础设施的一部分，也受到了政策的支持。
- 政府通过出台一系列政策措施，如提供财政补贴、税收优惠、土地使用等，为民营投资创造有利条件。
公私合营模式：
- 在汽车客运站改造工程中，政府可以与民营企业采用公私合营（PPP）模式进行合作。这种模式既能发挥政府在公共资源配置中的主导作用，又能充分利用民营资本的管理效率和技术优势。
- PPP模式下，民营投资需与政府签订合作协议，明确双方的权利和义务，确保项目的顺利实施和运营。
三、实际操作层面
项目可行性研究：
- 民营投资在决定投资汽车客运站改造工程前，需进行充分的项目可行性研究，包括市场需求、投资回报、风险评估等方面。
- 通过可行性研究，民营投资可以更准确地判断项目的盈利前景和潜在风险，为投资决策提供科学依据。
合规经营：
- 民营投资在改造过程中，需严格遵守国家法律法规和行业规范，确保工程质量和安全。
- 同时，民营投资还需关注政策变化和市场动态，及时调整经营策略，以应对可能出现的风险和挑战。
四、可能存在的法律风险及防范
合同风险：
- 民营投资在与政府或其他合作方签订合同时，需仔细审查合同条款，确保合同内容合法、合规且明确双方的权利和义务。
- 对于合同中的模糊条款或潜在风险点，民营投资应及时与对方沟通并明确约定，以避免后续纠纷。
政策风险：
- 民营投资需密切关注国家政策和行业动态的变化，及时调整经营策略以应对可能的政策风险。
- 对于政策变化可能带来的不利影响，民营投资可以提前与政府沟通并寻求政策支持或补偿。
总结与建议：
汽车客运站改造工程民营投资在符合相关法律法规和政策要求的前提下是合法的。民营投资在决定投资前需进行充分的项目可行性研究，并严格遵守国家法律法规和行业规范。同时，民营投资还需关注政策变化和市场动态，及时调整经营策略以应对可能出现的风险和挑战。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会为你提供专业、全面的解答。