客运站故意改商务车运营是违法的。具体分析如下：

一. 客运站改商务车运营违反相关规定

1. 根据《道路旅客运输及客运站管理规定》第三条，道路旅客运输及客运站管理应当坚持依法经营、诚实信用、公平竞争、优质服务的原则。客运站作为提供旅客运输服务的场所，其运营方式和车辆类型应当符合相关规定，不得擅自改变。
2. 若客运站故意将原定的客车改为商务车进行运营，这种行为可能涉嫌未经许可擅自改变运输方式或车辆类型，违反了道路旅客运输及客运站管理的原则。

二. 可能面临的法律后果

1. 根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的相关条款，对于违反规定的行为，交通运输主管部门可以责令改正、罚款、吊销道路运输经营许可证等行政处罚。
2. 若客运站的行为被认定为违法，不仅可能面临经济处罚，还可能对其声誉和运营造成不利影响。

综上所述，客运站故意改商务车运营是违法的，可能面临法律处罚。我建议客运站应严格遵守相关规定，确保运营方式和车辆类型符合法律法规的要求，以维护旅客的合法权益和自身的良好运营秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。