结论概述：针对“商铺楼顶加盖违建物业谎称翻修，城管部门执法程序是否合规”的问题，需结合具体执法流程和法律法规来判断。根据新闻背景，城管部门已介入并确认商铺加盖行为未能提供合法建设手续，已责令停工，并正在向规划部门申请认定违建，若确认将依法启动拆除程序。从现有信息看，城管部门的初步执法程序（如责令停工、申请认定）是合规的，但最终是否完全合规需依据完整执法流程和认定结果来判断。以下从多个维度进行详细分析：

一、城管部门执法程序的一般流程

城管部门在处理违建问题时，通常遵循以下流程：

1. 发现与立案：城管部门通过巡查、投诉等方式发现违建行为，并进行立案调查。
2. 调查取证：城管部门会收集相关证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以确认违建事实。
3. 责令停工：在确认违建事实后，城管部门会责令违建者立即停止施工，并可能采取查封施工现场等措施。
4. 申请认定：城管部门会向规划部门申请对违建进行认定，以确定其是否属于违法建设。
5. 作出处罚决定：根据规划部门的认定结果，城管部门会依法作出处罚决定，包括责令限期拆除、罚款等。
6. 执行处罚决定：若违建者未在规定期限内自行拆除，城管部门会依法强制拆除。

二、新闻背景中城管部门执法程序的合规性分析

1. 发现与立案：新闻中提到，城管部门已介入调查商铺楼顶加盖违建的问题，说明已发现并立案。
2. 调查取证：城管部门已确认商铺加盖行为未能提供合法建设手续，这表明城管部门已进行了调查取证工作。
3. 责令停工：新闻中明确提到，城管部门已责令停工，这符合执法程序的要求。
4. 申请认定：城管部门已正式向规划部门申请认定违建，这是执法程序中的关键步骤，也是判断违建性质的重要依据。

三、可能存在的合规性争议点及分析

1. 执法时效性：新闻中提到，阳光房早在今年1月就已接到投诉，但违建认定仍在审核中。这可能引发关于执法时效性的争议。然而，违建认定需要规划部门的专业判断，且可能涉及复杂的法律和技术问题，因此审核时间较长并不一定意味着执法程序不合规。
2. 执法透明度：虽然新闻中未直接提及执法透明度问题，但物业谎称翻修的行为可能引发公众对执法透明度的质疑。城管部门在执法过程中应确保信息公开透明，及时回应公众关切。
3. 后续执行力度：若规划部门最终认定违建，城管部门需依法启动拆除程序。后续执行力度也是判断执法程序是否合规的重要因素。城管部门应确保拆除工作依法进行，保障公共利益和他人合法权益。

四、对公众的启示与建议

1. 增强法律意识：公众应增强对违建行为的法律认识，明确违建的法律后果和责任。在发现违建行为时，应及时向相关部门投诉举报。
2. 关注执法程序：公众在关注违建问题时，也应关注城管部门的执法程序是否合规。若发现执法程序存在问题，可依法向相关部门反映或寻求法律援助。
3. 积极配合执法：若自身涉及违建问题，应积极配合城管部门的执法工作，主动整改或拆除违建部分，以避免更严重的法律后果。

总结来说，从新闻背景中提供的信息来看，城管部门在处理商铺楼顶加盖违建问题时的初步执法程序（如责令停工、申请认定）是合规的。然而，最终是否完全合规还需依据完整的执法流程和认定结果来判断。公众在关注此类问题时，应增强法律意识，关注执法程序，并积极配合执法工作。若您对此类问题有进一步疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。