商业建筑加盖楼层是否合法，关键在于是否获得了政府相关部门的批准和合法的建设手续。以下从多个角度为你详细分析：

一、规划法规的遵循

根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十条的规定，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。这意味着，商业建筑加盖楼层属于对原建筑物的改建工程建设行为，若未取得规划许可证即进行加层，将直接违反城乡规划法，改变建筑原有规划和布局，属于非法建设。

二、安全隐患的考量

1. 结构安全：商业建筑在设计之初已确定其承载能力和结构稳定性。擅自加层会增加建筑荷载，可能导致基础沉降、墙体裂缝等安全问题，严重威胁人员生命财产安全。
2. 消防安全：加层后建筑高度、人员密度增加，若消防设施未同步升级，将难以满足新的消防需求，存在重大火灾隐患，影响疏散和救援效率。

三、相邻权益的保护

1. 采光、通风与日照：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，建造建筑物不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。加层行为若导致相邻商户或住户这些基本生活权益受损，将构成侵权。
2. 视线与隐私：加层还可能遮挡相邻业主的视线，侵犯其隐私空间，引发邻里纠纷。

四、合法加层的路径

在特定情况下，如城市更新需要或商业建筑改造项目中，加层可能获得批准。但前提是必须严格履行审批程序，包括向规划、建设、消防等部门提交申请，并获得相应的许可证件。加层设计、施工需符合国家和地方的相关规范标准，确保建筑结构安全、消防设施齐全有效，同时保障相邻业主的合法权益不受侵害。

五、法律后果与建议

1. 法律后果：未经批准擅自加层，将构成违法行为，并可能面临罚款、恢复原状乃至刑事责任等法律后果。
2. 建议：
   • 在进行商业建筑加层前，务必了解相关法律法规和政策要求，确保加层行为的合法性和合规性。
   • 严格按照法定程序办理审批手续，包括向相关部门提交申请、获得许可证件等。
   • 对加层可能带来的安全风险、相邻关系影响等进行全面评估，并采取有效措施予以防范和化解。

综上所述，商业建筑加盖楼层并非简单的建筑行为，而是涉及多个法律领域的复杂问题。只有在充分了解和遵守相关法律法规的前提下，才能确保加层行为的合法性和安全性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。