双休日加班时班车迟到，工时的计算需分情况讨论，核心在于判断迟到是否影响实际工作时长及企业是否有合法有效的考勤制度，具体分析如下：

1. 若班车迟到导致员工实际工作时间减少，且企业无特殊规定
   根据《劳动法》第四十四条，双休日加班工资按“不低于工资的200%”计算，但前提是员工实际提供了加班劳动。若班车迟到导致员工迟到（如原定9点上班，因班车迟到9点半到岗），且企业未在劳动合同或规章制度中明确“班车迟到视为正常出勤”或“扣除相应工时”，则企业应按员工实际到岗时间计算加班工时。例如，员工原定加班8小时（9点-17点），因班车迟到实际工作7小时，则加班工资按7小时的200%计算。

2. 若企业规章制度明确“班车迟到不扣减工时”或“视为正常出勤”
   若企业通过民主程序制定并公示的规章制度（如员工手册）中规定：“因公司提供的班车迟到，不视为员工过错，加班工时按原计划计算”，则员工有权要求企业按原定加班时长（如8小时）支付200%工资。此时，企业不得以“实际未工作”为由扣减工时。

3. 若企业规章制度规定“班车迟到需扣减工时”且合法有效
   若企业规章制度明确“班车迟到超过一定时间（如30分钟）的，扣减相应工时”，且该制度经民主程序制定、已公示且不违反法律强制性规定（如未低于最低工资标准），则企业可按实际工作时长（如7小时）支付200%加班工资。但需注意：若扣减后员工实际加班时长不足法定标准（如双休日原定加班8小时，扣减后仅5小时），企业仍需确保员工每周至少休息1日（《劳动法》第三十八条）。

实务建议：

• 员工可要求企业出示书面考勤制度，确认班车迟到是否影响工时计算；
  
• 若企业拒不支付足额加班工资，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，需提供加班证据（如考勤记录、加班通知）及班车迟到证据（如班车时刻表、同车同事证言）；
  
• 企业若拟通过制度扣减工时，需确保制度内容合法、程序合规，并提前告知员工。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。